Après le suicide de son meilleur et seul ami, Koito Nagase, Ai Ooto se retrouve aux prises avec sa nouvelle réalité. N'ayant plus aucune raison de vivre, elle suit les instructions d'une entité mystérieuse et se fait piéger en achetant un œuf, ou plus précisément un œuf magique. Après avoir cassé l'œuf dans un monde qui se matérialise pendant son sommeil, Ai est chargée de sauver les gens des adversités qui se présentent à eux. Ce faisant, elle pense avoir fait un pas de plus pour sauver sa meilleure amie. Avec cette opportunité dangereuse mais tentante entre les mains, Ai entre dans un monde où elle doit reconnaître la relation entre les démons des autres et les siens. Alors que les traumatismes du passé, les regrets inoubliables et les peurs innées éclosent dans le monde étrange de Wonder Egg Priority, une jeune fille découvre les différentes luttes intérieures qui tourmentent l'humanité et les sauve de leurs pires peurs.