Tomo Aizawa et Junichirou "Jun" Kubota, amis d'enfance, font tout ensemble, qu'il s'agisse de s'entraîner ou de passer une journée agréable. On pourrait croire que ces deux-là sont les meilleurs amis de la vie. Le seul problème, c'est que Tomo, le garçon manqué, est amoureux de Jun, mais qu'il la considère comme un frère. Au début de leur première année de lycée, Tomo avoue ses sentiments à Jun, mais ses manières rudes et son manque d'hésitation à donner un coup de poing ne font rien pour faire chavirer le cœur de Jun. Réalisant qu'il restera indifférent à son affection à moins qu'elle ne fasse quelque chose, Tomo doit trouver un moyen de faire entendre raison à Jun et de lui ouvrir les yeux sur ce qu'il a sous les yeux.

Tomo Aizawa, un garçon manqué, avoue son amour à son ami d'enfance Kubota Junichirou. Cependant, ce dernier prend son aveu pour une simple assurance d'amitié entre garçons, ce qui la mécontente. Plus tard, Tomo demande conseil à sa meilleure amie Misuzu Gundo. Misuzu lui répond qu'elle s'est à juste titre présentée comme un garçon en raison de son manque de féminité. Tomo essaie alors de changer sa façon de parler avec Kubota, mais ils se disputent, avant de se réconcilier. Un peu plus tard, Kubota et Misuzu oublient leurs parapluies et attendent que Tomo les raccompagne. Kubota pousse Misuzu sous la pluie après qu'elle se soit exclamée que Tomo pourrait avoir un petit ami, avant de partir avec elle à la suggestion de Misuzu. Tomo s'enfuit en courant après que Kubota se soit approché d'elle pour l'empêcher de se mouiller, et il fait de même après l'avoir rattrapée et avoir accidentellement vu ses vêtements trempés. Tomo fréquente le club de karaté des garçons, ce qui suscite l'admiration du capitaine Kosuke Misaki. Elle lui demande quels sont les traits féminins qu'il pense qu'elle pourrait améliorer, ce qui fait dire à Kosuke, agacé, qu'elle est charmante telle qu'elle est, ce qui ravit Tomo. Plus tard, deux filles, Mifune et Ogawa, tentent d'approcher Kosuke après l'école, mais elles le voient avec Tomo. Elles convoquent ensuite Tomo dans sa salle de classe, mais elle prend cela pour un défi à combattre. Mifune et Ogawa apprennent alors l'incroyable force de Tomo et sont terrifiés à l'idée de la rencontrer. Pendant ce temps, Misuzu explique à Tomo qu'il existe d'autres moyens que les poings pour affronter les gens, et dit que les filles veulent seulement lui parler. Elles se retrouvent derrière le gymnase, où elles disent à Tomo qu'elles aiment Kosuke. Excitée, Tomo promet alors de les aider, se sentant féminine de pouvoir donner des conseils d'amour à d'autres filles.

Je veux être considérée comme une fille ! / Un défi terrifiant

Après que Tomo ait été tripotée par un vieil homme dans le bus, Jun retient l'homme et suggère plus tard qu'elle porte un pantalon au lieu d'une jupe. Tomo se fâche en entendant qu'elle s'habille plus comme un garçon, mais Misuzu lui dit plus tard qu'il essayait simplement de la protéger contre de futurs tripoteurs. Misuzu suggère alors à Tomo d'essayer de porter une jupe sans short pour paraître plus féminine. Il lui enlève son short à la fin de la journée scolaire et s'arrange pour que Jun et Tomo rentrent ensemble à la maison. Tomo se sent incroyablement gênée tandis que Jun essaie de ne pas la regarder. Le lendemain, Misuzu devine à la réaction de Tomo que Jun l'a vue différemment. Carol Olston, une camarade de classe à moitié anglaise, est populaire auprès des garçons. Après que Tomo a croisé Carol et Kosuke dans le couloir, Carol commence à la harceler et la considère comme une rivale. Misuzu envoie Carol à Jun, et donne à Tomo la motivation nécessaire pour le poursuivre. Pendant ce temps, Jun sait seulement que Carol veut s'entraîner pour affronter un rival anonyme, et essaie de l'aider avec un entraînement physique de base. Tomo confronte finalement Jun, et Carol part brusquement, découvrant la signification des mots de Misuzu. Après l'école, Carol emmène Misuzu dans une pâtisserie pour manger un gâteau, et Misuzu convainc Carol de se lier d'amitié avec Tomo. Carol est surprise le lendemain à l'école lorsque Tomo accepte inconditionnellement. Plus tard, Tomo est surpris d'apprendre que Jun est sorti avec Misuzu au collège.

La jupe de Tomo / L'idole de l'école

Lorsque Tomo, furieuse, confronte Misuzu, cette dernière lui révèle que leur relation n'a duré que trois jours. Plus tard, Tomo devient heureuse lorsque Junichiro lui dit qu'il n'a pas d'intérêt amoureux en ce moment. Le lendemain, Junichiro rencontre Kosuke. Réalisant qu'il s'agit du senpai de Tomo au club de karaté, Junichiro le traite durement par jalousie. Plus tard dans la journée, alors que Junichiro prend le bus avec Kosuke, ce dernier découvre qu'en dépit de leur rudesse, Junichiro admire profondément Tomo. Cependant, Junichiro intimide à nouveau Kosuke le lendemain lorsqu'il tente de parler à Tomo de leur conversation. Dans un café, Misuzu dit à Tomo qu'elle devrait inviter Junichiro à un rendez-vous. Après l'acceptation enthousiaste de Junichiro, Tomo reçoit l'aide de Misuzu et de Carol pour acheter des vêtements. Le lendemain, elle se présente au rendez-vous dans sa nouvelle tenue. Ils se rendent à leurs endroits habituels, à savoir une cage de frappeurs et un bowling. Cependant, elle trouve le courage de l'emmener dans un karaoké, mais finit par chanter des chansons pour enfants. Le lendemain, alors que Tomo, embarrassée, tente d'empêcher Misuzu et Carol de voir sa vidéo, Jun remarque que Tomo est apparue différente ce jour-là. Tomo retourne alors au karaoké avec les filles.

Best Bud's Secret / Allons à un rendez-vous !

Tatsumi essaie de faire sourire Misuzu, qui résiste à ses efforts. Tomo veut jouer "comme une fille" et commence à faire des câlins à plusieurs filles de sa classe. Misuzu commence à devenir jalouse en voyant Carol s'attacher à Tomo. Plus tard, Tomo tente la même chose avec Junichiro, mais ce dernier trouve cela puéril. Junichiro rend visite à Tomo chez elle et en apprend un peu plus sur ses parents. Carol donne son bandeau à Tomo pendant qu'elle déjeune avec Misuzu, et Kosuke arrive pour encourager Misuzu à rester amie avec Carol. Mifune et Ogawa demandent l'aide de Tomo après l'école pour repousser un élève effrayant, et Tomo finit par lui donner un coup de pied dans la cour. Alors qu'il prévoit de se venger de Tomo, Junichiro surprend les plans de l'aîné et le bat avec ses amis, les obligeant tous à s'excuser auprès de Tomo la prochaine fois qu'ils la verront.

La raison de son sourire / Je veux jouer comme une fille / Les héros tombent souvent

Carol invite Tomo et Misuzu dans sa maison, qui s'avère être un gigantesque manoir avec un jardin d'entrée en forme de labyrinthe. Ferris, la mère de Carol, semble presque aussi tête en l'air que sa fille, mais elle a des soupçons sur les motivations de Misuzu. Carol bat facilement Tomo et Misuzu à Othello. Plus tard, à l'approche des examens de mi-parcours, Misuzu invite Tomo et Carol à venir chez elle pour étudier. Les autres filles rencontrent la mère de Misuzu, Misaki, qui ressemble beaucoup à sa fille. De même, Misaki confond d'abord Tomo avec sa mère Akemi. Les trois étudient pour les examens, Tomo comprenant mieux les explications bizarres de Carol que les méthodes de Misuzu. Après les examens, Tomo et Junichiro améliorent légèrement leurs notes, tandis que Carol se moque de Misuzu qui a terminé deuxième alors qu'elle a obtenu la meilleure note. Junichiro invite Tomo chez lui pour jouer à des jeux vidéo. Tomo se rend compte plus tard de ce que cela implique d'aller chez Junichiro toute seule pendant la nuit, mais Misuzu, Carol et ses parents l'encouragent à y aller quand même. Tomo a du mal à concilier ses nouveaux sentiments pour Junichiro avec leur amitié établie pendant la nuit, mais le lendemain à l'école, elle a l'impression qu'ils se sont rapprochés.

Les filles de la famille Olston / Un sentiment que je n'abandonnerai pas / Un coup de cœur ! Une nuit de jeu

Tomo reçoit un large éventail de cadeaux d'anniversaire de la part de ses amis. Misuzu et Carol invitent Tomo dans la maison de Misuzu, où elles procèdent à un relooking complet. Elles obligent ensuite Tomo à acheter une glace dans une supérette locale alors qu'elle est encore habillée. Tomo se sent gênée après avoir aperçu Junichiro dans le même magasin, et trébuche sur ses nouvelles chaussures à talons en sortant. Junichiro l'aide à se relever et l'accompagne dans un parc, sans se rendre compte qu'il s'agit de Tomo, même après qu'elle ait répondu à des questions subtiles sur leur relation. Tomo retourne finalement chez Misuzu, découvrant que cette dernière et Carol ont organisé une fête surprise pour son anniversaire. Plus tard, Tomo se prépare pour un tournoi de balle au prisonnier à l'école, mais à cause de sa force incroyable, elle est mise dans la même équipe de garçons que Junichiro. Tous deux parviennent à se frayer un chemin jusqu'à la finale et à battre l'équipe ennemie dirigée par un étudiant en judo ressemblant à un gorille pour remporter le trophée. Après le match, Junichiro se rend compte à quel point il admire Tomo.

Cadeau d'anniversaire / Burn Up ! Le tournoi sportif de la balle

Junichiro se souvient de sa première rencontre avec Tomo. Sa famille a déménagé de Tokyo et il préférait jouer aux jeux vidéo. Tomo a sauté par-dessus le mur pour rencontrer son nouveau voisin et a joué avec sa console portable. Mais Tomo a fini par la casser en deux. Tomo et ses parents se sont alors excusés personnellement auprès de Junichiro. La console de poche de remplacement a ensuite été volée par des voyous. Tomo les a battus et a récupéré l'ordinateur de poche, mais Junichiro l'a laissé à Tomo, affirmant qu'il le reprendrait lorsqu'il prouverait qu'il est assez fort pour tenir tête à Tomo. Tomo continue de jouer avec l'ordinateur de poche dans le présent, se demandant quand Junichiro viendra le reprendre. Tomo et ses amis se rendent à la plage où Tomo tente de se rapprocher de Junichiro en mettant un maillot de bain. Cependant, Junichiro ne peut se résoudre à dire qu'ils sont en couple, même s'il la défend contre un type arrogant qui essaie de la draguer. Misuzu encourage Tomo à rester proche de Junichiro afin de créer plus d'opportunités pour améliorer leur relation. Dans le train qui la ramène chez elle, Misuzu pense que son plan a réussi.

La promesse de Junichiro / Quand Tomo se met en maillot de bain...

Tomo est mise au défi par Misuzu d'assister au prochain festival de feux d'artifice avec Junichiro. Elle lui demande nerveusement de l'accompagner et il accepte. Pendant que Misuzu, Carol et Kosuke passent du temps ensemble, Tomo gagne tous les prix d'un jeu de tir, où l'opérateur alerte tous les gérants de stands en leur envoyant une photo de Tomo, désormais méconnaissable dans un yukata. Junichiro emmène Tomo dans un endroit spécial pour regarder les feux d'artifice et elle pense à se confesser à nouveau. Pendant ce temps, Junichiro se souvient de la précédente confession de Tomo et se convainc qu'elle n'était pas sérieuse. Le gang prend Misuzu pour cible afin de se venger de Tomo. Son aura démoniaque les effraie d'abord, mais elle dit que Carol n'est pas son amie pour l'épargner. Contrariée, Carol assène un coup de tazer au chef du gang et une course-poursuite s'engage. En se cachant, Misuzu appelle Junichiro, suivi de Tomo. Ils vainquent le gang, tandis que Misuzu s'excuse auprès de Carol. Kosuke arrive et, voyant Carol en sous-vêtements alors qu'elle se changeait, interprète mal la situation. Misuzu fait ensuite chanter le gang pour qu'il devienne son garde du corps, ce qu'il fait après avoir appris que Tomo est la fille de Goro. Le lendemain, Junichiro prend joyeusement Tomo dans ses bras pour se rendre à l'école, ce qui ravit la jeune fille.

La nuit du festival d'été / La distance qui les sépare

Un flashback révèle le moment où Kosuke a rencontré Carol pour la première fois et en est devenu amoureux. Dans le présent, Kosuke s'inscrit au dojo de Goro et se sent dépassé. Lorsque Tomo lui demande pourquoi il s'est inscrit, il révèle qu'il veut devenir plus fort pour Carol. Le lendemain, Carol croit à tort que Kosuke est attiré par Tomo, et se rend donc chez Junichiro pour le rendre jaloux. Cela fonctionne et Kosuke révèle enfin son amour pour Carol à Misuzu, expliquant qu'il a été incapable de le lui dire parce qu'il ne l'a jamais vue vulnérable. Pour l'aider, Misuzu fait des commentaires douloureux sur l'intérêt de Kosuke pour Carol, ce qui pousse cette dernière à s'enfuir de l'école en pleurant. Misuzu se rend compte de son erreur et envoie Kosuke chez elle. Là, il raconte à Carol le mensonge de Misuzu et lui avoue enfin son amour. Ravie, elle accepte la confession de Kosuke, et sa mère lui confie Carol après qu'il lui ait promis qu'elle ne changera pas sa façon d'être parce qu'elle est amoureuse, puisqu'elle a maintenant des amis autour d'elle. Le lendemain, Carol se venge de Misuzu en lui faisant peur.

Le vrai visage de l'ange

Tomo et Junichiro sont ravis de participer au marathon de leur école. Ils dépassent facilement le reste de leur classe, mais sur le chemin du retour, Tomo s'effondre d'épuisement, révélant qu'elle a également couru pendant des heures la nuit précédente. Junichiro la porte en bandoulière jusqu'à l'infirmière de l'école, où Misuzu lui suggère d'en profiter pour paraître plus vulnérable aux yeux de Junichiro. Tomo finit par convaincre Junichiro de la porter à nouveau pour que sa mère puisse la conduire à l'hôpital. Lorsque Junichiro rend visite à Tomo, elle lui rend son ordinateur de poche d'il y a des années, affirmant qu'il l'a finalement rattrapée en termes de prouesses physiques. Junichiro revient en arrière, à l'époque où il était collégien, se remémorant sa relation avec Tomo et Misuzu.

Où en est le jeu / Être les meilleurs amis du monde...

Tomo trouve un emploi à temps partiel dans un magasin de ramen appartenant à la famille de Tatsumi, avec Misuzu comme serveuse et Carol jouant le rôle de la mascotte. Misuzu et Tomo sont toutes deux choquées par la visite de Junichiro, mais les compliments de ce dernier remontent le moral de Tomo. À la fin du week-end, les trois filles reçoivent un supplément de salaire pour leur travail exceptionnel. Tomo utilise l'argent pour acheter à Junichiro un cadeau d'anniversaire et un gâteau. Junichiro suggère qu'ils le mangent chez elle. Tomo demande à Misuzu des conseils pour se rapprocher de Junichiro. Elle lui tend un piège pour qu'il descende les escaliers et que Tomo l'attrape. Cependant, il s'esquive à la dernière seconde et tombe sur Carol. Misuzu commence à se sentir coupable de s'être interposée entre Tomo et Junichiro et prend plusieurs congés de maladie. Tomo décide de prendre l'initiative de rendre visite à Misuzu chez elle, en lui donnant une copie du scénario de la pièce de théâtre de leur classe, Cendrillon. Misuzu se présente le lendemain, furieuse d'avoir été choisie à son insu par Carol pour jouer le rôle principal, tandis que Tomo a été choisi pour jouer le prince, Carol la méchante belle-mère et Junichiro l'arbre.

Mon premier emploi à temps partiel / La Cendrillon abandonnée

Pendant la pièce, Misuzu s'amuse bien en jouant son rôle après s'être rapprochée de Tomo. Après le festival, Junichiro et Tomo dansent ensemble près du feu de joie, et il laisse entendre qu'il l'aime bien. Cependant, Tomo s'enfuit, et les jours suivants, elle passe du temps avec lui normalement, mais s'énerve lorsque Junichiro revient sur le sujet. À l'école, Junichiro révèle son amour pour Tomo à Kosuke, qui l'encourage à avouer. Avant de le faire, il convoque Misuzu pour s'excuser, mais elle l'acclame à la place, lui mentant en disant qu'elle n'a jamais été amoureuse auparavant. Il convoque Tomo sur le toit, où il lui réitère ses sentiments, ce qui pousse Tomo à le frapper pour avoir été inconsciente des efforts qu'elle a faits pour lui. Cependant, lorsque Junichiro reste ferme même après le coup de poing, elle s'enfuit à nouveau, gênée. Elle demande de l'aide à Misuzu et Carol, et Misuzu l'encourage en larmes à poursuivre Junichiro, sachant que leurs sentiments sont réciproques. C'est ce qu'elle fait, et alors qu'elle rentre chez elle, elle accepte finalement sa confession dans l'escalier du temple après qu'il lui ait assuré qu'ils continueraient à être aussi proches qu'avant, à sa grande joie.

Adieu, meilleur ami

Misuzu et Carol conseillent à Tomo d'emmener Junichiro voir un film romantique pour Noël afin de l'émouvoir. Ils regardent le film, mais le couple ne se contente pas de s'embrasser, ce qui met Tomo dans l'embarras. Après le film, ils échangent des cadeaux de Noël. Tomo s'invite ensuite chez Junichiro. Après un long silence gênant, Tomo s'emporte contre Junichiro, disant qu'elle est venue pour l'embrasser, mais il explique qu'il se sent mal de le faire, révélant qu'il a demandé la bénédiction de ses parents, mais qu'il lui a été interdit de sortir avec elle à moins qu'il ne batte Goro. Après le Nouvel An, ils retournent à l'école, où Misuzu et Carol reprochent à Tomo de les avoir ignorés, et elle leur explique ce qui s'est passé. Entre-temps, Junichiro a défié Goro. Tomo se rend compte pendant l'entraînement de karaté qu'il a besoin de son soutien, et elle se précipite pour l'aider. Junichiro, blessé, se revigore après l'avoir vue et donne un puissant coup de poing à Goro, lui cassant le nez et remportant le match. Après le match, il lui demande officiellement d'être sa petite amie, ce qu'elle accepte en l'embrassant.

Tomo-chan Is a Girl!