Le Dr Kenzou Tenma, un neurochirurgien d'élite récemment fiancé à la fille du directeur de l'hôpital, est en bonne voie pour gravir les échelons de la hiérarchie hospitalière. Jusqu'à ce qu'un soir, un événement apparemment anodin change la vie du Dr Tenma pour toujours. Alors qu'il s'apprête à opérer quelqu'un, il reçoit un appel du directeur de l'hôpital qui lui demande de changer de patient et d'opérer à la place un célèbre artiste pour lui sauver la vie. Ses collègues médecins, sa fiancée et le directeur de l'hôpital applaudissent son exploit, mais à cause de l'échange, un pauvre travailleur immigré meurt, ce qui provoque une crise de conscience chez le Dr Tenma. Lorsqu'une situation similaire se présente, le Dr Tenma reste sur ses positions et choisit d'opérer le jeune garçon Johan Liebert au lieu du maire de la ville. Malheureusement, ce choix entraîne de graves conséquences pour le Dr Tenma, notamment la perte de son statut social. Cependant, la mort mystérieuse du directeur et de deux autres médecins rétablit la position du Dr Tenma. En l'absence de preuves permettant de le condamner, il est libéré et accède au poste de directeur de l'hôpital. Neuf ans plus tard, lorsque le Dr Tenma sauve la vie d'un criminel, son passé revient le hanter - une fois de plus, il se retrouve face au monstre qu'il a opéré. Il doit alors se lancer dans une quête pour réparer les dégâts causés par celui qu'il a sauvé.

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