Fullmetal Alchemist: Brotherhood

Les frères Elric, Edward et Alphonse, qui se sont déjà forgé une solide réputation malgré la courte carrière militaire d'Edward, sont appelés par le Führer King Bradley et le colonel Roy Mustang à traquer l'alchimiste d'État véreux Isaac McDougal. Edward et Alphonse tendent une embuscade et réussissent à capturer leur cible. Cependant, à cause de la négligence d'Edward, "l'alchimiste du froid" trouve une ouverture et s'échappe. Les frères Elric et les militaires de l'État sont contraints d'affronter à nouveau McDougal lorsqu'il active simultanément de nombreux cercles de transmutation dans le Centre, ce qui crée une réaction alchimique englobant l'ensemble du centre de commandement. Edward soupçonne l'utilisation d'une pierre philosophale, mais ne parvient pas à confirmer ses soupçons. Heureusement, les frères Elric, le major Alex Louis Armstrong et Mustang parviennent à déjouer les plans de McDougal visant à ensevelir Central sous la glace. Le Führer affronte McDougal alors qu'il tente de s'échapper. Au cours de la brève bataille qui s'ensuit, McDougal est facilement découpé en tranches par le Führer, qui reconnaîtra plus tard que Mustang et les frères Elric ont contribué à l'accomplissement de la mission.

Alors qu'Edward et Alphonse partent en train pour Liore, leur enfance est montrée en flash-back. Ils ont appris des rudiments d'alchimie dans les livres de leur père et, à la mort de leur mère, ils ont tenté de la ressusciter en pratiquant la transmutation humaine, une pratique officiellement considérée comme taboue par les alchimistes. Une masse sombre de mains obscures a alors entrepris de désintégrer le corps physique d'Alphonse, tandis qu'une figure désincarnée nommée Vérité a montré à Edward le secret d'une transmutation humaine parfaite en échange de sa jambe gauche. Maudissant le fait d'avoir causé la perte de son frère, Edward lie l'âme d'Alphonse à une armure, sacrifiant son bras droit pour achever le processus. Ailleurs dans le présent, le colonel Maes Hughes montre à Mustang les documents concernant l'incident McDougal, qui indique que McDougal a utilisé un art Xingese connu sous le nom d'alkahestry, inconnu d'eux deux. De retour dans le passé, l'habileté d'Edward à survivre à la tentative de transmutation humaine et à ancrer l'âme de son frère attire l'attention de Mustang, qui suggère à Edward de devenir alchimiste d'État. Plus tard, Edward passe et réussit l'examen d'alchimiste d'État, et reçoit le titre d'"Alchimiste Fullmetal".

Edward et Alphonse arrivent à Liore, où ils voient le père Cornello gagner la dévotion des habitants en réalisant des transmutations "miraculeuses" qui, selon eux, n'ont pu être accomplies qu'à l'aide d'une pierre philosophale. Ils rencontrent Rosé et demandent à voir Cornello, qui est au courant de la présence des alchimistes d'État. Cornello tend une embuscade à Edward et Alphonse, en envoyant une chimère, un hybride humain-animal, à leur poursuite. En combattant la chimère, Edward révèle involontairement ses prothèses automail, ce qui fait comprendre à Cornello qu'il a tenté le tabou interdit de la transmutation humaine. Edward et Alphonse s'échappent, emmenant Rosé avec eux. Pendant qu'Alphonse explique leur histoire à Rosé, Cornello retrouve Edward et lui révèle son plan infâme, sans savoir qu'il a été diffusé dans toute la ville de Liore. Cornello utilise la pierre philosophale de son anneau pour combattre Edward, mais ce dernier parvient à le vaincre. Edward se rend compte que la pierre est fausse lorsqu'elle se brise sur le sol. Cornello s'enfuit, mais il est tué par la Luxure et mangé par la Gourmandise. Lorsque Rosé confronte Édouard et Alphonse au sujet de la pierre, désespérée d'avoir cru en Cornello pour rien, Édouard lui dit de trouver la force en elle-même et de "marcher sur ses deux pieds".

Un homme mystérieux portant une cicatrice en forme de croix sur le visage attaque et assassine le général de brigade Basque Grand. Le Führer ordonne à Hughes et Armstrong d'utiliser toutes les ressources disponibles pour arrêter le meurtrier. Pendant ce temps, pour éviter d'être endetté, Mustang présente Edward et Alphonse à Shou Tucker, "l'alchimiste de la vie cousue", qui a obtenu son titre d'alchimiste d'État en créant une chimère capable de comprendre la parole humaine. Il ouvre sa bibliothèque aux frères Elric pour qu'ils puissent étudier la transmutation des créatures vivantes, mais ils finissent aussi par passer du temps à jouer avec la fille de Tucker, Nina, et le chien de la famille, Alexander. De retour à la maison pour une nouvelle session d'étude, ils découvrent que Tucker a créé une autre chimère parlante afin de satisfaire aux exigences de son évaluation annuelle. Edward est furieux de découvrir que la chimère parlante a été créée à partir de Nina et d'Alexander, et il se rend compte que Tucker a fait la même chose avec sa femme, deux ans auparavant. Alphonse empêche Edward de presque battre Tucker à mort, et Edward se sent impuissant. Mustang lui explique qu'en tant qu'alchimiste d'État, il doit se préparer à prendre une vie si l'armée fait appel à lui. Alors que Tucker est arrêté pour ses actes, il reçoit la visite de l'homme à la cicatrice, qui le tue ainsi que la chimère.

Le lieutenant Riza Hawkeye annonce à Edward et Alphonse que Tucker et la chimère ont été tués. Pendant ce temps, à Liore, Lust et Gluttony tentent de provoquer une rébellion en utilisant la foi des habitants, tandis que Envy utilise ses pouvoirs de métamorphose pour se déguiser en Cornello. De retour à East City, alors qu'Edward et Alphonse s'interrogent sur les limites de l'alchimie, ils sont violemment attaqués par Scar. Ils battent rapidement en retraite jusqu'à ce qu'ils soient acculés et obligés de se défendre. Scar endommage le corps d'Alphonse et détruit le bras droit d'Edward. Les alchimistes de l'État interviennent au moment où Scar s'apprête à achever Edward. Mustang, incapable de maîtriser Scar, est sauvé par Œil-de-Faucon, qui lui rappelle que son alchimie de la flamme est inutile sous la pluie. L'arrivée d'Armstrong et son combat contre Scar révèlent qu'il s'agit d'un Ishvalan. En infériorité numérique, Scar parvient à s'échapper dans les égouts, et Mustang raconte aux frères Elric la guerre civile d'Ishval. Edward et Alphonse décident alors de retourner à Resembool pour réparer leurs corps.

Alors qu'Armstrong raccompagne Edward et Alphonse à Resembool en train, il aperçoit à un arrêt proche un homme nommé Tim Marcoh, l'"alchimiste du cristal". Il explique que Marcoh était alchimiste d'État et médecin pendant la guerre civile d'Ishval, et qu'il a mené des recherches sur l'alchimie biologique avant de disparaître à la fin de la guerre. Ils décident de se lancer à la poursuite de Marcoh et apprennent qu'il effectuait des recherches sur la pierre philosophale. Il a réussi à la créer, bien qu'elle soit encore incomplète. Refusant d'abord de partager ses connaissances avec Edward, Marcoh finit par leur donner un indice sur l'emplacement de ses données de recherche. Une fois arrivés à Resembool, Winry Rockbell et sa grand-mère Pinako Rockbell commencent à travailler sur l'automate d'Edward. Après avoir reçu son bras et sa jambe de remplacement, Edward utilise son alchimie pour reconstruire l'armure d'Alphonse à partir des restes brisés. Les frères Elric et Armstrong retournent ensuite à Central pour retrouver les recherches de Marcoh.

Edward et Alphonse reviennent à Central, où ils découvrent que la première succursale de la bibliothèque d'État a été réduite en cendres. Scar rencontre et combat Lust et Gluttony dans les égouts, ce qui provoque une forte explosion. Les nouveaux accompagnateurs d'Edward et d'Alphonse, Denny Brosh et Maria Ross, les dirigent vers Sheska, une employée de bureau qui travaillait à la première succursale de la bibliothèque d'État, mais qui a été renvoyée parce qu'elle passait son temps à lire. Sheska révèle qu'elle a mémorisé tous les ouvrages de Marcoh et en fait des copies manuscrites pour les frères Elric. Alors qu'il s'agit à première vue d'un livre de cuisine, Edward remarque qu'il est écrit dans un code créé par Marcoh. Edward et Alphonse passent plusieurs jours à déchiffrer les données cachées et découvrent que la pierre philosophale est faite d'êtres humains vivants. Edward demande à Brosh et Ross de garder le secret, mais Armstrong l'apprend par intimidation. Edward remarque une autre information cachée, localisant un laboratoire inutilisé à côté d'une prison, où les matières premières de la pierre ont été rassemblées. Armstrong demande aux frères Elric de rester sur place, mais ils parviennent tous deux à se faufiler jusqu'au cinquième laboratoire. Edward pénètre dans le bâtiment par un conduit d'aération, tandis qu'Alphonse attend à l'extérieur, ignorant qu'il est observé par une silhouette menaçante.

Au cinquième laboratoire, Al combat Barry le Chopper à l'extérieur, et Edward affronte Slicer à l'intérieur. Il s'avère que les deux adversaires sont des âmes de meurtriers fixées sur des armures. Edward a du mal à s'en sortir car son bras automatique fonctionne mal, Winry ayant oublié d'ajouter un petit boulon à Resembool. Alphonse a d'abord l'avantage dans son combat, jusqu'à ce que Barry suggère qu'Alphonse n'a jamais vraiment existé, disant qu'il était une poupée faite pour Edward. Réfléchissant à cette possibilité, Alphonse se souvient qu'Edward avait peur de lui dire quelque chose. Edward est particulièrement troublé lorsque son adversaire s'avère être une paire de frères, chacun contrôlant une partie différente de l'armure. Edward parvient à vaincre Slicer en utilisant la technique de destruction de Scar, mais avant qu'il ne puisse obtenir des informations des deux frères, ils sont tués par Lust et Envy. Edward exige de savoir qui ils sont et tente d'utiliser l'alchimie, mais son bras automail se brise et il est assommé par Envy. A l'extérieur, Barry a presque le dessus sur Alphonse, mais il est sauvé par l'arrivée de Brosh et Ross. Lust et Envy détruisent le laboratoire pour dissimuler les preuves de la pierre philosophale, mais pas avant d'avoir transporté Edward à l'extérieur et de l'avoir remis à Brosh et Ross, en commentant qu'il est une ressource précieuse.

Edward et Alphonse sont hospitalisés suite à l'incident du cinquième laboratoire. Ross gifle Edward pour son imprudence et lui demande de faire davantage confiance aux adultes. Edward, qui a besoin de faire réparer son automate, demande à Winry de venir à Central. Lorsque Winry arrive à la gare, Alphonse réfléchit encore à ce que Barry lui a dit. Hughes invite Winry à l'anniversaire de sa fille Elicia, où elle déplore qu'Edward et Alphonse ne lui disent jamais rien. Hughes lui explique que les hommes ont tendance à cacher les choses pour n'inquiéter personne. Alphonse décide alors de confronter Edward sur ce qu'il avait peur de lui dire, lui demandant s'il était vraiment une âme artificielle. Edward part en claquant la porte et Winry hurle sur Alphonse, lui disant qu'Edward était terrifié qu'Alphonse lui reproche de l'avoir coincé dans l'armure. Les frères Elric se battent alors, Edward en sort vainqueur, et tous deux se remémorent leurs combats passés, réaffirmant ainsi leur existence. Pendant ce temps, Scar se réveille chez des réfugiés Ishvalans.

Bradley apparaît à l'hôpital et avertit les frères Elric d'être prudents avec les militaires, puis il saute par une fenêtre pour échapper à ses subordonnés. Edward et Alphonse décident de se rendre dans la ville de Dublith pour rendre visite à leur professeur d'alchimie, Izumi Curtis, afin de lui demander des informations sur la pierre philosophale. Ils acceptent d'emmener Winry avec eux lorsqu'elle remarque que Rush Valley, une ville surtout connue pour ses magasins d'automobiles, se trouve sur le chemin de Dublith. Hughes enquête sur les problèmes de Liore, le cinquième laboratoire et la guerre civile d'Ishval. Il découvre un lien, mais est ensuite attaqué par Lust. Il lui échappe et tente de communiquer ses informations à Mustang dans une cabine téléphonique, mais il est abattu par Envy, déguisé en Ross, puis en sa femme Gracia. Hughes est promu général de brigade à titre posthume et son meurtre fait l'objet d'une enquête par Mustang, qui conclut par l'intermédiaire d'Armstrong qu'un membre haut placé de l'armée pourrait être responsable du commandement de la mort de Hughes.

Alors qu'Edward, Alphonse et Winry arrivent à Rush Valley, la montre à gousset d'Edward, alchimiste de son état, est volée par une voleuse à la tire nommée Paninya, qui a des jambes d'automate. Après l'avoir retrouvée, Winry demande au créateur de son automail, Dominic LeCoulte, de la laisser devenir son apprentie, mais elle essuie rapidement un refus. Alors que Winry convainc Paninya d'arrêter de jouer les pickpockets et de rendre la montre de poche, elle jette un coup d'œil à l'intérieur et y trouve gravée la date à laquelle les frères Elric ont brûlé leur maison. Pendant ce temps, l'une des habitantes accouche, et comme elles ne peuvent pas se rendre à l'hôpital en raison du mauvais temps, Winry décide de s'occuper de l'accouchement. Après un accouchement réussi, Winry demande à nouveau à être apprentie, et Dominic la dirige vers un autre mécanicien où elle pourra étudier pour devenir une meilleure ingénieure en mécanique automobile. Edward et Alphonse poursuivent leur route vers Dublith.

Edward et Alphonse rendent visite à Izumi et à son mari Sig afin d'obtenir des indices sur la pierre philosophale. Pendant leur séjour, les frères Elric se souviennent de leur première rencontre avec Izumi lors d'une inondation à Resembool, et de leur acceptation formelle en tant que disciples d'Izumi après avoir été bloqués sur une île pendant un mois. Ils se souviennent de la façon dont ils ont compris le sens de l'expression "un est tout, tout est un". Izumi remarque que les frères Elric ont tenté une transmutation humaine, concluant cela à partir de leurs mouvements pendant l'entraînement au combat à mains nues. Réalisant qu'ils n'étaient pas les seuls à avoir commis ce tabou, Izumi raconte aux Elric qu'elle aussi a tenté la transmutation humaine pour ramener son enfant, mort lorsqu'Izumi est tombée malade pendant sa grossesse. Les trois se réconcilient, se rapprochant des épreuves qu'ils ont traversées après avoir subi les effets de la transmutation humaine.

Edward et Alphonse ne sont plus les élèves d'Izumi, mais ses égaux. Pendant ce temps, Mustang annonce à ses cinq subordonnés qu'ils sont tous transférés avec lui au Centre. Scar, en convalescence dans une colonie de squatters ishvalans, est informé par l'aîné que poursuivre les alchimistes actuels n'apporterait rien de bon aux Ishvalans survivants. Scar quitte la colonie après avoir dû vaincre deux voyous recrutés par Yoki, qui voulait capturer Scar et le ramener à Central, en raison de ses liens avec le meurtre de Basque Grand. Alphonse, attiré dans un piège après avoir lu une note menaçante concernant son secret, est capturé par Roa, Bido, Martel et Dolcetto, tous chimères de l'homoncule Greed. Edward retrouve Greed, qui lui propose d'enseigner la fabrication d'homoncules en échange de l'apprentissage de la transmutation humaine. Edward, furieux, charge Greed, qui utilise son bouclier ultime pour se rendre invulnérable aux attaques d'Edward. Cependant, Edward est bientôt capable de contre-attaquer en transmutant le bouclier ultime de Greed. Izumi arrive et intervient, prenant Greed par surprise.

Bradley et Armstrong dirigent une équipe de soldats de l'armée d'État pour perquisitionner la cachette de Greed, bien que le premier s'en serve comme couverture pour traquer et exécuter Greed. Les soldats de l'armée nationale tirent sur Roa et Dolcetto, mais les deux survivent. Bradley se rend dans le passage des eaux usées situé sous la cachette et y affronte Greed en duel. Cependant, Greed est sévèrement affaibli par le Führer, qui révèle sa véritable identité, Wrath. Roa et Dolcetto, venus sauver Greed, sont tués par le Führer. Martel, qui se cache dans Alphonse, tente d'étouffer Bradley, mais elle est poignardée de l'extérieur de l'armure. Son sang éclabousse le sceau de sang d'Alphonse et libère ses souvenirs oubliés. Alphonse révèle à Edward qu'il a réussi à retrouver tous ses souvenirs avant d'être éloigné de la Porte de la Vérité lorsque Edward a échoué dans sa tentative de transmutation humaine pour ressusciter leur mère. Greed est ramené en captivité auprès de Père, qui a été déçu par lui après qu'il ait abandonné le reste des homoncules. Lorsque Greed refuse de rejoindre les homoncules, il est fondu vivant en une pierre philosophale liquide, qui est ensuite consommée par Père.

Scar s'occupe rapidement d'un autre alchimiste d'État, Giolio Comanche, connu sous le nom d'"alchimiste d'argent". De retour à la cachette temporaire de Yoki, Scar découvre une jeune Xingese nommée May Chang accompagnée d'un petit panda nommé Shao Mei, qui ont traversé le désert de l'Est à la recherche de la pierre philosophale. Pendant ce temps, Barry le Chopper est détenu par Roy Mustang, Riza Hawkeye et Vato Falman pour être interrogé sur l'assassinat de Maes Hughes. Ailleurs, les frères Elric retournent à Rush Valley pour faire réparer l'automate d'Edward. Ils trouvent alors un Xingese nommé Ling Yao sur le point de mourir de faim. Après avoir été nourri, il explique pourquoi il fait des recherches sur l'alkahestry. Lin convoque ses gardes du corps, Lan Fan et Fu, et retient les frères Elric en otage, dans l'espoir d'obtenir les secrets de la pierre philosophale. Au cours de leur combat, une grande partie de la ville est endommagée. Ling et ses gardes du corps se retirent après leur défaite, obligeant les frères Elric à affronter les habitants en colère. Après avoir réparé la ville, Ling rencontre à nouveau Edward et Alphonse et comprend que Ling veut devenir l'héritier du trône en découvrant la pierre philosophale. Winry les rejoint alors qu'ils se préparent tous à partir pour Central. Scar et Yoki se rendent de nuit à Central dans une calèche, May en tête.

Edward, Alphonse et Winry arrivent à Central, mais Ling se fait arrêter pour immigration illégale. Sheska révèle accidentellement des informations sur Mustang à Envy, déguisé en capitaine Focker, l'un de ses supérieurs. Armstrong informe Mustang qu'il n'a pas pu annoncer aux frères Elric la mort de Hughes. Lorsqu'ils rencontrent Mustang, celui-ci affirme à tort que Hughes a pris sa retraite de l'armée d'État. Cependant, ils apprennent bientôt la vérité après avoir rencontré Ross. Winry découvre également la vérité après avoir rendu visite à Gracia et Elicia. Edward et Alphonse arrivent pour s'excuser, car Edward se sent responsable du meurtre de Hughes. Gracia les encourage à aller de l'avant, même si elle retient ses larmes. Envy élabore un plan pour empêcher Mustang d'enquêter sur le meurtre de Hughes et, le lendemain, Ross est arrêté par le colonel Henry Douglas qui le soupçonne d'être l'auteur du meurtre.

Ross, accusé de l'assassinat de Hughes, est placé sous la garde de la police militaire et interrogé par Douglas. Après avoir lu un article de journal sur la détention de Ross, Barry l'hélico quitte la planque et lance un raid solitaire sur la prison. Barry libère Ling, qui promet d'aider Barry et Ross. Barry dit à Ross qu'elle doit quitter Central immédiatement, sous peine d'être tuée. Edward et Alphonse tombent sur le trio, et Barry retient les frères pour laisser à Ross le temps de s'enfuir. Ross tombe alors sur Mustang, qui semble la tuer dans une explosion massive. Edward accoste Mustang après avoir vu le corps carbonisé de Ross, tandis que Mustang rappelle froidement à Edward sa place en tant que soldat de l'armée d'État. Armstrong arrive plus tard et déclare qu'Edward devrait retourner à Resembool pour apparemment faire réparer son bras automate, entraînant Edward, confus, au loin.

Arrivés à Resembool, Edward et Armstrong retrouvent Heymans Breda, qui les emmène aux ruines de Xerxès. Là, ils découvrent que Ross est toujours en vie et que Mustang a simulé sa mort afin d'attirer les responsables de la mort de Hughes. Après de brèves retrouvailles, Ross décide de se cacher à Xing avec Fu, mais promet de revenir si l'on a besoin d'elle. Après le départ de Ross, Edward explore davantage les ruines et rencontre un groupe de réfugiés Ishbalans, qui lui révèlent que c'est Scar qui a tué les parents de Winry pendant la guerre civile Ishbal. Pendant ce temps, le corps humain de Barry, qui n'est plus qu'un animal fou, attaque Falman et Barry à Central. Cependant, avec l'aide de Jean Havoc, ils parviennent à maîtriser le corps humain de Barry. Hawkeye, également présent avec eux, est alors attaqué par Gluttony.

Kain Fuery parvient à sauver Hawkeye, tandis que Mustang vient vaincre Gluttony. Alphonse retrouve le groupe et ils poursuivent Barry, qui poursuit son corps dans les profondeurs du troisième laboratoire. Le groupe se divise en deux équipes. Mustang et Havoc tombent dans une embuscade tendue par Lust, qui les blesse grièvement et les laisse pour morts. Lust affronte ensuite Barry et le découpe en morceaux. Hawkeye, croyant Mustang mort, entre dans une rage suicidaire et tire sur Lust à plusieurs reprises, sans effet. Avant que Lust ne puisse tuer Hawkeye, Mustang apparaît, révélant qu'il a cautérisé ses blessures. Il met le feu à Lust à plusieurs reprises jusqu'à ce que sa pierre philosophale soit épuisée. Ne pouvant plus se régénérer, elle se réduit en cendres. L'âme de Barry survit, mais son sceau de sang est rayé par son corps humain, ce qui les tue tous les deux. Edward retourne à Resembool et se dirige vers la résidence des Rockbell. Cependant, il aperçoit son père Van Hohenheim sur la tombe de sa mère Trisha Elric.

Edward, malheureux, surprend une conversation entre Hohenheim et Pinako sur la question de savoir si le cadavre que les frères Elric ont tenté de transmuter est bien celui de sa mère. Hohenheim part le lendemain en prévenant Pinako qu'il va se passer quelque chose d'horrible dans ce pays. Alphonse explique à Ling les circonstances de son corps, et Winry est consternée de voir que Ling ne se soucie pas des conséquences du corps d'Alphonse. Déterminés à trouver la vraie réponse, Edward et Pinako déterrent le cadavre de la transmutation ratée pendant une pluie battante, bien qu'Edward ne cesse d'avoir des haut-le-cœur à l'idée de le faire. Une fois le corps déterré, il se rend compte que ce n'est pas leur mère qu'ils ont transmutée. Edward appelle alors Izumi et lui demande la légitimité de sa transmutation humaine, mais elle ne répond pas. Edward retourne à Central et retrouve Alphonse et Winry, les rassurant sur la possibilité de restaurer le corps d'Alphonse. Izumi rappelle Edward en lui disant qu'elle a eu les mêmes résultats que lui, ce qui confirme ses soupçons sur la possibilité, mais pas de faire revivre ce qui a été décédé. Edward, Alphonse et Izumi sont soulagés de savoir qu'ils n'ont pas tué leurs proches une seconde fois. Les frères Elric réaffirment leur volonté de rendre à Alphonse son corps d'origine.

Edward réfléchit à l'hypothèse selon laquelle Alphonse absorbe peut-être des nutriments par son intermédiaire. Mustang soupçonne le Führer de coopérer avec les homoncules. Havoc révèle que la moitié inférieure de son corps est paralysée, et Mustang s'en sent responsable. Scar est de retour à Central et assassine trois autres alchimistes d'État. Edward et Alphonse planifient dangereusement d'affronter Scar afin de faire sortir les homoncules. Ling et Lan Fan apparaissent et acceptent de les aider, car cela permettrait à Ling de trouver l'immortalité. Mustang envoie Breda à la recherche de Marco, mais découvre qu'il a été kidnappé. Edward commence à s'exhiber dans les rues et finit par attirer Scar. Pendant que les frères Elric le combattent, Mustang se rend au centre de commandement et rapporte de fausses informations sur l'endroit où se trouve Scar, déconcertant et bloquant l'armée de l'État. Lan Fan attaque Gluttony, mais est rapidement blessé par Bradley.

Ling combat Bradley et Gluttony en essayant de s'échapper avec Lan Fan. Pendant ce temps, Winry apprend que les frères Elric se battent contre Scar et se rend sur place. En arrivant, elle entend Edward interroger Scar sur la mort de ses parents. Choquée, Winry ramasse une arme qui se trouve à proximité et la pointe sur Scar. C'est alors que Scar se souvient de son frère qui avait fait des recherches sur l'alchimie pour lutter contre les alchimistes de l'État, mais ils avaient été attaqués par Solf J. Kimblee, l'"alchimiste cramoisi". Scar avait été gravement blessé lors de l'attaque, son bras droit ayant été brutalement sectionné. Pour le sauver, son frère s'était sacrifié et avait transféré son bras droit sur Scar. Choqué à son réveil de voir le bras de son frère sur son corps, il est devenu fou furieux et a tué les parents de Winry. Avant qu'ils ne puissent s'entretuer, Edward protège Winry de Scar et interrompt l'attaque de ce dernier en lui rappelant que son frère l'avait protégé. Edward, inquiet, console Winry traumatisée, tandis qu'Alphonse se lance à la poursuite de Scar. Alors qu'il lui fait lentement dégainer l'arme, il lui dit que ses mains sont faites pour donner la vie et non pour tuer.

Edward laisse Winry à la garde de l'armée de l'État afin de rattraper Alphonse. Pendant ce temps, Bradley poursuit Ling et Lan Fan, tandis que Gluttony s'attaque à Scar. Alors qu'Edward rejoint Alphonse dans son combat contre Scar, Gluttony arrive sur les lieux. Ling rejoint alors le combat et parvient à capturer Gluttony. Lan Fan parvient à échapper à Wrath en se coupant le bras invalide et en l'attachant sur le dos d'un chien afin d'écarter Wrath de sa piste. Oeil-de-lynx arrive et s'enfuit avec Ling et Gluttony, gardant l'opération secrète pour les militaires de l'État. Alors que les frères Elric sont sur le point d'appréhender Scar, ils sont arrêtés par May, qui utilise son alkahestry pour s'échapper avec lui. Cependant, les frères Elric parviennent à prendre la garde de son panda, Shao Mei. De retour au quartier général, ils racontent tout à Winry. Winry se sent déprimée, croyant qu'il ne lui reste plus qu'à attendre, mais elle se sent mieux lorsqu'elle reçoit un appel de ses clients à Rush Valley. Alors qu'elle prend le train pour Rush Valley, Winry commence à réaliser qu'elle est peut-être en train de tomber amoureuse d'Edward. Pendant ce temps, Edward et Alphonse rejoignent les autres dans une cachette, où les blessures de Lan Fan sont soignées par le docteur Knox. Ling révèle à Edward, Alphonse et Mustang que le Führer est un homoncule. Lorsque Gluttony entend parler de Mustang, celui qui a tué Lust, il se transforme et fait sauter le coin de la cachette.

Marcoh, détenu par les homoncules, doit coopérer en échange de la sécurité de son village. Pendant ce temps, Edward, Alphonse et Ling tentent d'échapper à Gluttony, qui est devenu capable d'avaler tout ce qu'il voit. Après avoir vaincu Gluttony, le Dr Knox emmène Mustang, Hawkeye et Lan Fan en lieu sûr, tandis qu'Edward, Alphonse et Ling restent pour se battre. Envy arrive pour empêcher Gluttony de nuire aux frères Elric. Entendant cela, Edward et Alphonse affrontent Gluttony tandis que Ling se bat contre Envy. Après quelques combats, Gluttony finit par avaler accidentellement Edward, Ling et Envy. Mustang découvre par hasard une conspiration entre le Führer et les hauts gradés de l'armée nationale et réalise que c'est ce que Hughes voulait dire lorsqu'il affirmait que l'armée nationale était en danger.

Edward et Ling se retrouvent dans un endroit sombre et réalisent qu'ils sont dans l'estomac de Gluttony, alors qu'ils essaient de trouver un moyen de sortir. May s'inquiète pour Shao Mei, expliquant à Yoki la situation dans laquelle ils se trouvent, et Scar décide de l'aider à la rechercher. Edward et Ling sont approchés par Envy, qui leur explique que Gluttony est une tentative ratée de recréer la Porte de la Vérité, et qu'il n'y a pas de sortie. Envy, après avoir révélé qu'il était à l'origine de la guerre civile d'Ishval, se transforme en une bête géante. Pendant ce temps, Alphonse demande à Gluttony de l'emmener auprès de Père, qui est apparemment en Centrale, et Wrath prend l'ascendant sur Mustang en transférant ses hommes dans divers quartiers généraux de commandement militaire et en nommant Hawkeye son assistant personnel, faisant d'elle son otage.

Edward et Ling affrontent Envy. Edward, hésitant à attaquer à cause de toutes les personnes incrustées dans le corps d'Envy, se fait avaler. Pendant ce temps, Scar et May trouvent Shao Mei avec Alphonse et Gluttony et décident de les suivre dans un tunnel souterrain, où ils combattent plusieurs chimères. Edward repère la pierre philosophale dans Envy et, après avoir vu la pièce manquante des ruines de Xerxès trouvée dans l'estomac de Gluttony, il trouve un moyen de s'échapper. Bradley explique à Mustang qu'il a été formé dès sa naissance au leadership et qu'on lui a injecté la pierre philosophale. Edward utilise à contrecœur les âmes contenues dans la pierre pour se transmuter et ouvrir la Porte de la Vérité afin de s'échapper. Edward trouve le corps d'Alphonse mais ne peut pas le ramener, car ce n'est pas le sien. Cependant, avant que la porte ne se referme, il la franchit en criant au corps d'Alphonse qu'il reviendra le chercher un jour.

Lors d'une fête à Resembool, Hohenheim discute avec une jeune Pinako, qui lui demande pourquoi il reste à l'écart de tous les villageois. Dans le même temps, il affronte un démon identique à lui qui lui parle de la faiblesse des humains, comme le raconte l'histoire jusqu'à présent. À la fin, Hohenheim est encouragé par une jeune Trisha, et il se réveille en découvrant que tout cela n'était qu'un rêve dû à une consommation excessive d'alcool.

Alphonse et Glouton arrivent au repaire de Père, quand Edward, Ling et Envy sortent de l'estomac de Glouton. Père utilise alors ses étranges pouvoirs et annule l'alchimie d'Edward et d'Alphonse, les rendant vulnérables. Ling est alors capturé et reçoit la pierre philosophale, qu'il accepte volontairement, permettant à Greed de prendre possession de son corps. Scar et May arrivent alors et s'engagent dans la bataille, où leur alchimie est toujours efficace. Scar apprend que le meurtre commis par Envy a déclenché la guerre civile d'Ishbal et attaque Père, mais ses pouvoirs sont inefficaces contre lui. May est blessée et Scar utilise une explosion d'hydrogène comme diversion pour qu'ils puissent tous deux s'échapper. Edward affronte Greed et est rapidement maîtrisé, bien qu'il sente que Ling est toujours à l'intérieur de Greed. Suite à l'explosion précédente, Gluttony a épuisé ses dernières capacités de régénération. Père extrait alors sa pierre philosophale, promettant de le faire revivre avec ses souvenirs intacts.&nbsp ;

L'envie conduit Edward et Alphonse, qui a caché May et Shao Mei dans son armure, hors de la cachette de Père, qui se trouve en fait sous le Quartier Général du Commandement Central, pour rencontrer Wrath. Bien qu'Edward tente de démissionner de l'armée d'État, Wrath menace de tuer Winry s'il ne reste pas alchimiste d'État. Il autorise cependant les frères Elric à poursuivre leurs recherches. Bradley nie avoir tué Hughes lorsque Mustang le lui demande, mais refuse de révéler l'identité du tueur. Edward appelle Winry pour s'assurer de sa sécurité. Greed remet à Alphonse un message écrit par Ling, afin d'informer Lan Fan qu'il a trouvé la pierre philosophale. Pendant ce temps, Scar rencontre un Marcoh emprisonné, qui admet être responsable de l'extermination des Ishbalans. Greed fait remarquer à Bradley que Ling est toujours en train de lutter pour le contrôle de son corps. Mustang révèle la véritable identité de Bradley à Armstrong, qui se demande s'il n'y a pas un autre homonculus tapi dans l'ombre. Alphonse, qui emmène May se faire soigner par Knox, informe Lan Fan de l'existence de Greed et l'encourage à se procurer un bras automatique. Edward, apprenant que d'autres alchimistes n'ont pas réussi à transmuter au moment où ses capacités étaient bloquées par Père, se demande comment Scar et May ont pu continuer à utiliser les leurs. Bien que Marcoh supplie Scar de lui ôter la vie, Scar exige de savoir comment Marcoh a été impliqué dans la guerre civile.

Il y a des années, le désir de Mustang de devenir alchimiste d'État a été désapprouvé par son professeur, Berthold Hawkeye, qui était le père de Riza Hawkeye. Avant de mourir d'une maladie, il a demandé à Mustang de s'occuper de sa fille, qui a les détails de ses recherches sur l'alchimie de la flamme tatoués sur son dos. Dans le présent, Edward rend visite à Hawkeye et lui rend l'arme qu'elle lui a prêtée, expliquant son incapacité à appuyer sur la gâchette. Après que la guerre civile a éclaté il y a sept ans, Bradley a signé un document annonçant l'extermination des Ishvalans. De nombreux alchimistes et soldats de l'État, dont Hughes et Mustang, en ont fait les frais, ce qui n'a pas été facilité par les railleries du dur à cuire Kimblee. Marcoh révèle à Scar qu'il a utilisé des Ishvalans pour fabriquer la pierre philosophale, qui a été donnée aux alchimistes de l'État pour améliorer leur alchimie. Le chef des Ishvalans a tenté de convaincre Bradley de mettre fin aux massacres en échange de sa vie, mais sa demande a été rejetée. Lorsque la guerre civile prit fin, Mustang décida de devenir le nouveau Führer pour protéger le peuple, et nomma Œil-de-Faucon comme son second. Œil-de-Faucon mentionne à Edward que lorsqu'ils seront enfin en paix, ils devront peut-être être punis pour les crimes qu'ils ont commis pendant la guerre. Lorsque Envy vérifie la cellule de Marcoh, il trouve un cadavre décapité et le mot "vengeance" écrit avec du sang sur le mur.