Edward Elric, un jeune et brillant alchimiste, a beaucoup perdu au cours de ses douze années de vie : lorsque lui et son frère Alphonse tentent de ressusciter leur mère décédée par l'acte interdit de la transmutation humaine, Edward perd son frère ainsi que deux de ses membres. Grâce à ses talents suprêmes d'alchimiste, Edward lie l'âme d'Alphonse à une grande armure. Un an plus tard, Edward, désormais promu alchimiste complet de l'État, entreprend un voyage avec son jeune frère pour obtenir la pierre philosophale. Selon les rumeurs, cet objet mythique est capable d'amplifier les capacités d'un alchimiste, lui permettant ainsi d'outrepasser la loi fondamentale de l'alchimie : pour obtenir quelque chose, l'alchimiste doit sacrifier quelque chose de valeur égale. Edward espère puiser dans les ressources de l'armée pour trouver la pierre légendaire et restaurer son corps et celui d'Alphonse. Cependant, les frères Elric découvrent rapidement que la pierre légendaire est plus complexe qu'il n'y paraît, car ils sont conduits à l'épicentre d'une bataille bien plus sombre qu'ils n'auraient jamais pu l'imaginer.

Dans un bref retour en arrière, les frères Elric, Edward et Alphonse, ont tenté d'effectuer une transmutation alchimique dans l'espoir de ramener leur défunte mère à la vie, mais ils n'y sont pas parvenus. En conséquence, Al disparaît, Ed perd sa jambe gauche et une figure grotesque apparaît dans le cercle de transmutation. Dans le présent, les frères traversent un désert. Ils arrivent à Lior, où ils entendent parler d'un chef religieux nommé Père Cornello, capable de faire des miracles. Cependant, comme ils se rendent compte qu'il pratique l'alchimie et ignore la loi de l'échange équivalent, ils croient qu'il possède la pierre philosophale, qu'ils recherchaient pour restaurer le corps d'Al. Menacé, Cornello ordonne à Cray de les tuer. Rosé, une jeune fille rencontrée par les frères, traumatisée par l'absence de corps humain d'Al, se réfugie auprès de Cornello. Les Elrics la suivent, et Cornello libère une chimère sur eux lorsqu'ils se rencontrent. Cornello transmute également un oiseau géant à partir d'un perroquet et l'envoie se battre contre Ed, qui repousse la chimère et l'oiseau en exposant son automail, son bras et sa jambe en métal. Cornello comprend alors pourquoi Ed est surnommé l'"Alchimiste Fullmetal", comprenant que les frères ont commis le péché ultime de la transmutation humaine.

Défier le soleil

Corps des sanctionnés

Mère...

En route pour Central, les Elric s'arrêtent dans une gare où ils entendent parler d'un alchimiste nommé Majhal, dont le nom est apparu plusieurs fois dans les correspondances de leur père relatives à la transmutation humaine, et décident de lui rendre visite dans la région. En entrant dans le village de Majhal, ils rencontrent une jeune fille nommée Clause, qui leur raconte qu'un zombie a assassiné plusieurs villageois, dont sa sœur aînée. Clause demande aux frères de venger la mort de sa sœur, mais Ed est sceptique. Après avoir rencontré Majhal, celui-ci explique aux frères que le mystérieux zombie serait son ancienne amante Karin, décédée dans un accident il y a plusieurs années. Après quelques recherches supplémentaires, les frères découvrent que Majhal a tenté de faire revivre Karin en utilisant des mannequins qui lui ressemblent et en utilisant l'alchimie pour attacher les âmes des filles du village qu'il a kidnappées aux mannequins, kidnappant Clause pour utiliser son âme. Ed découvre que Karin n'est pas morte, mais qu'elle a d'abord perdu ses souvenirs et qu'elle a vieilli. Une fois ses souvenirs revenus, elle a cherché Majhal, mais celui-ci était déjà trop possédé par sa passion de faire revivre Karin pour la reconnaître. Majhal refuse d'accepter la vieille femme ridée qui l'a soutenu comme sa Karin, et il tente de tuer Ed. Ed fait tomber l'arme de Majhal de sa main, qui vole en l'air et empale accidentellement Majhal, le tuant. Clause reprend ses vêtements féminins et accompagne les frères dans la poursuite de leur voyage.

L'amour d'un faussaire

L'homme au bras mécanique

Les Elric commencent à se préparer à l'examen d'État d'alchimie en logeant chez Shou Tucker, connu sous le nom d'"alchimiste de la vie cousue", à qui l'on attribue la création de chimères intelligentes. Les frères deviennent rapidement amis avec sa jeune fille Nina et son chien Alexander. Hughes et sa femme Gracia organisent une fête d'anniversaire pour Ed, interrompant ainsi une occasion de bachoter. Pendant la fête, Gracia commence à accoucher et ils assistent à la naissance d'Elicia. Ed découvre alors qu'il peut pratiquer l'alchimie sans cercle de transmutation. Après la partie écrite de l'examen, Mustang force Al à abandonner en raison de l'absence de corps et des soupçons que ce fait susciterait s'il était découvert par ses supérieurs. Ed passe l'entretien avec succès et réussit la partie pratique en sauvant l'ensemble du groupe d'alchimistes potentiels de l'État grâce à sa rapidité d'esprit, son courage et sa capacité à transmuter sans l'aide d'un cercle.

L'examen d'alchimie

La nuit du cri de la chimère

Angoissé par l'horrible disparition de Nina et dégoûté par sa première mission, qui consistait à organiser les recherches de Tucker après avoir appris sa mort, Ed envisage de déserter pour traquer l'assassin de Nina. Heureusement, Al trouve une référence à la pierre philosophale dans les papiers de Tucker. Ed est incrédule quant à l'existence même d'une telle chose. Livré à lui-même, Al a parlé au Führer King Bradley. Winry, qui est venue rendre visite à Central, est kidnappée par un boucher devenu tueur en série, Barry le Hachoir, qui se déguise en femme. Ed est également kidnappé et son bras automate lui est retiré alors qu'il tente de libérer Winry et de s'enfuir. Forcé de se battre pour sa vie, Ed manque de tuer Barry dans un acte de désespoir fou jusqu'à ce qu'Al arrive pour l'arrêter, faisant arrêter Barry par les autorités. Ed fond en larmes, puis accepte de partir à la recherche de la pierre philosophale avec Al après en avoir discuté avec lui. Mustang les autorise ensuite à partir à sa recherche, à condition qu'il soit tenu au courant de l'évolution de la situation. Ed est officiellement surnommé l'"Alchimiste de Fullmetal" par Bradley.

La pierre philosophale

Pendant que les Elric emmènent Winry faire des courses, Ed reçoit sa deuxième mission, qui consiste à inspecter les mines de charbon de la ville de Youswell. Cependant, les habitants de la ville se méfient de l'armée de l'État. Le lieutenant Yoki, le commandant militaire en charge de la région, vient collecter les taxes de l'auberge locale, mais une émeute éclate. Ed apparaît à temps avant que Yoki n'assassine presque Kyle, le fils de l'aubergiste. Yoki invite Ed dans son manoir, après avoir remarqué qu'il est un alchimiste d'État, en le flattant et en le corrompant. L'auberge est soudainement détruite à la tombée de la nuit, et Al sauve Kyle des décombres. Ed transmute à contrecœur les pièces d'or avec lesquelles Yoki a tenté de le soudoyer, en recouvrant d'or les barres de charbon. Il les utilise ensuite pour acheter la mine à Yoki sous le couvert d'un transfert inestimable, avant de rendre les barres à la pierre et de vendre la ville entière aux habitants de Youswell pour une seule nuit passée dans l'auberge récemment réparée. Ed vainc Lyra, la servante alchimiste de Yoki, et devient un héros. (Synopsis : Wikipedia)

Sois toi-même pour le peuple ("Le chien de la montre d'argent de l'armée")

Après avoir démasqué l'imposture de Cornello à Lior, les Elric sont sur le chemin du retour pour rendre compte de l'incident à Mustang. Ils s'arrêtent dans la ville d'Aquroya et se retrouvent pris dans la chasse à l'homme d'une cambrioleuse talentueuse nommée Psiren, qui utilise ses talents d'alchimiste pour tromper à plusieurs reprises la police locale. Le chef de la police convainc les Elrics de capturer Psiren, mais celle-ci les dupe à trois reprises en leur faisant croire qu'elle vole pour le bien de la population, sauvant apparemment certains bâtiments de la démolition. Cependant, Psiren s'en tire en faisant démolir un bâtiment. Al, qui croit toujours que Psiren est une bonne personne, tente d'empêcher Ed d'attraper Psiren avant qu'elle ne s'enfuie avec le butin. Plus tard, Ed réussit à attraper Psiren, mais elle s'échappe quand même. Ed se rend compte de l'importance de Psiren en tant qu'attraction touristique pour la ville d'Aquroya, qui est en train de sombrer.

Le voleur fantôme

Les Elrics arrivent à Xenotime à la recherche de la pierre philosophale. Après avoir sauvé une jeune fille nommée Elisa coincée sous un chariot de mine tombé à terre, elle les amène à la taverne en signe de gratitude. Au cours du festin organisé en leur honneur, les frères apprennent qu'une pierre philosophale est sur le point d'être achevée, grâce aux recherches d'un certain Mugear. Ils se rendent vite compte qu'il y a des imposteurs qui prennent le nom des Elrics. Lorsqu'ils se faufilent dans le manoir de Mugear, ils sont repoussés par l'imposteur le plus âgé. Al ne peut pas acheter de médicaments pour Elisa, car les habitants de la ville pensent qu'il est l'un des imposteurs, mais le plus jeune imposteur apparaît plus tard et lui achète les médicaments. La nuit suivante, alors qu'Ed et Al pénètrent une seconde fois dans le manoir, l'imposteur le plus âgé, reconnu comme étant Russell Tringham, attaque Ed en utilisant de l'eau cramoisie. Cependant, le jeune imposteur, reconnu comme étant le frère cadet de Russell, Fletcher, le sauve, révélant que cette eau a pollué la ville par sa toxicité.

Les Autres Frères Elric : Partie 1

Les autres frères Elric : Partie 2

Fullmetal vs Flame

Des troubles civils ont éclaté dans la ville de Lior et Envy utilise ses pouvoirs de métamorphose pour se déguiser en Cornello. Les Elrics retrouvent Marcoh et apprennent qu'il utilisait la pierre philosophale dans la rébellion d'Ishbal avant d'être porté disparu. Grand entre avec des soldats, confisque les informations de Marcoh sur la pierre philosophale et arrête Marcoh, laissant les Elrics derrière lui. Cependant, Scar apparaît et tue Grand avant de s'intéresser à Marcoh. Les Elrics et Marcoh s'enfuient rapidement dans un tunnel, suffisamment longtemps pour être sauvés par le Major Alex Louis Armstrong, l'"Alchimiste au bras fort".

La main droite de la destruction

Armstrong révèle que Scar est un alchimiste Ishbalan pendant leur combat. Marcoh raconte aux Elrics le massacre d'Ishbal, comment les alchimistes d'État ont été utilisés contre les Ishbalans, qui considéraient l'alchimie comme hérétique. Marcoh, contraint d'utiliser ses recherches, a causé d'énormes pertes du côté des Ishbalans. Mustang, contraint de tuer deux médecins qui sauvaient des vies dans les deux camps, permet à Marcoh de déserter. Lorsque les médecins se révèlent être les parents de Winry, Marcoh refuse de s'enfuir à Resembool avec les Elrics. Scar, fuyant les militaires, se heurte à nouveau aux Elrics qui se défendent contre lui. Scar détruit le bras d'Ed et endommage le corps d'Al. Alors que Scar s'apprête à achever Ed, Marcoh lance sa pierre rouge sur Scar, qui l'absorbe douloureusement dans son bras tatoué. Dépassé par les renforts militaires, Scar parvient à s'échapper dans les égouts et Marcoh est emmené dans un "lieu sûr" par le secrétaire personnel du Führer.

Le massacre d'Ishbal

Armstrong raccompagne les frères Elric à Resembool pour qu'ils se fassent réparer. Lust attaque Marcoh dans sa "planque" et le contraint à révéler l'emplacement de ses recherches sur la pierre philosophale. Lust et Gluttony le tuent alors qu'ils se dirigent vers la bibliothèque d'État. Dans le train pour Resembool, Ed et Armstrong découvrent qu'Al a été débarqué à la station précédente et sont obligés de le chercher. Lorsqu'Armstrong les exhorte à la patience, Ed explose de rage et abandonne Armstrong. Cependant, Ed est bientôt rattrapé par une jeune fille qui lui vole sa jambe d'automate. Le grand-père de la jeune fille, tout en rendant la jambe d'Ed, explique qu'il a perdu sa jambe lors de la rébellion d'Ishbal et qu'il souhaite conserver sa blessure en souvenir de celle-ci. Pendant ce temps, Al est volé par un garçon qui souhaite faire ses preuves en attaquant le manoir d'un ennemi. Al effraie le garçon en prétendant qu'il est une armure hantée. Les Elric se retrouvent alors qu'Armstrong réapparaît, les attrape et se précipite vers le train en partance, dans l'espoir de le rattraper.

Ce qui est perdu

Les Elric et Armstrong retournent tous à Resembool, où ils retrouvent Pinako, qui accepte de réparer Ed dans trois jours. Pendant que les Elric récupèrent, Armstrong aide Winry et Pinako à travailler. Plus tard, les Elric se remémorent leur enfance en se recueillant sur la tombe de leur mère. Al semble s'inquiéter d'avoir des souvenirs qui s'estompent, mais Armstrong met fin à la tension. Quelques jours plus tard, après avoir reçu son bras et sa jambe de remplacement, Ed utilise son alchimie pour reconstruire le corps blindé d'Al à partir des restes brisés. Ensuite, les frères et Armstrong retournent à Central pour trouver les recherches de Marcoh.

Maison de la famille en attente

Notes de Marcoh

Horrifiés par l'ingrédient clé de la pierre philosophale, les Elric ont failli abandonner leur quête. Mais Ross les incite à continuer. Une information cachée révèle l'existence d'un laboratoire inutilisé à côté d'une prison où les matières premières de la pierre ont été rassemblées. Ignorant les ordres de Brosh et de Ross, ils s'éclipsent pour aller enquêter eux-mêmes dans le laboratoire. Scar attaque les dortoirs et apprend que les frères se sont rendus au cinquième laboratoire avant de les poursuivre. Ed pénètre dans le bâtiment par un conduit d'aération et déclenche plusieurs pièges avant de rencontrer l'agent de sécurité nommé Numéro 48. À l'extérieur, Al tombe dans une embuscade tendue par un autre agent de sécurité nommé Numéro 66.

La vérité derrière les vérités

L'âme du gardien

La lueur rouge

Hughes organise une expédition pour sauver les Elric dans le cinquième laboratoire. Envy, sous les traits de Grand, rassemble les ingrédients humains et force Ed à tenter de transmuter une pierre philosophale. Bradley se joint à l'expédition et mobilise l'armée pour la mission de sauvetage. Kimblee déclenche une explosion qui fait tomber les prisonniers dans la salle du dessous. Ed interroge les prisonniers sur la raison de leur présence dans le laboratoire, ce qui donne lieu à un court combat contre Envy avant que Lust n'intervienne. Lust prend Al en otage, donnant à Ed l'ultimatum de transmuter la pierre philosophale ou de voir le sceau de sang d'Al être brisé. Ed échoue dans sa tentative de transmutation de la pierre. Soudain, le corps d'Ed commence à réagir après avoir été imbibé de la pierre incomplète, détruisant son environnement. Les homoncules s'échappent alors que les militaires envahissent la base et que Ross calme Ed.

L'homme créé

Ed, qui se remet de ses blessures au laboratoire, est réprimandé par Ross pour avoir frôlé la mort. Ayant besoin de faire réparer son automate, Ed demande à Winry de venir à Central. Lorsque Winry arrive à la gare, Al réfléchit encore à ce que Barry lui a dit. Après que les frères ont refusé de lui parler des événements, Winry part en colère et est entraînée par Hughes à la fête d'anniversaire de sa fille. Hughes lui dit que les hommes ont tendance à cacher les choses pour n'inquiéter personne. Al décide de confronter Ed à ce qu'il n'osait pas lui dire, lui demandant s'il était vraiment une âme artificielle.

Le cœur d'acier

Al s'est enfui après n'avoir pas reçu de réponse d'Ed. Il tombe bientôt sur Scar, qui s'est caché parmi d'autres réfugiés d'Ishbal alors qu'ils sont terrorisés par des mercenaires se faisant passer pour des soldats de l'armée d'État, Barry les accompagnant. Après avoir retrouvé son frère, Ed et Al réaffirment leur existence.

Des souvenirs qui collent

Décidés à suivre Scar pour obtenir des indices sur la pierre philosophale, les frères emmènent Winry avec eux lorsqu'elle remarque que Rush Valley, une ville surtout connue pour ses magasins d'automobiles, est en route. Pendant qu'ils partent, Hughes enquête sur le cinquième laboratoire, découvrant un lien entre celui-ci et la guerre en Ishbal. Il confronte la principale suspecte, Juliet Douglas, mais est alors attaqué par Lust. Il échappe aux deux femmes et tente de communiquer ses informations à Mustang par l'intermédiaire d'une cabine téléphonique, avant d'être attaqué par Envy, déguisé en Ross avant de prendre la forme de Gracia pour lui porter le coup de grâce. Hughes est promu général de brigade à titre posthume. Dans un flashback, Mustang et Hughes conspirent ensemble pour s'assurer que la tragédie d'Ishbal ne se reproduise jamais.

Mots d'adieu

Mustang enquête sur le meurtre de Hughes et conclut, grâce à Armstrong, qu'un militaire de haut rang pourrait être responsable de sa mort. Izumi Curtis, le professeur d'Edward et d'Alphonse, se présente à Central à leur recherche, mais elle les a manqués de quelques jours. Edward, Alphonse et Winry, en route pour Ishbal, arrivent à Rush Valley.

Sa raison

Izumi a enfin rattrapé ses protégés, Edward et Alphonse. Ils ont toutes les raisons de la craindre car elle les ramène à Dublith.

Enseignant

Izumi abandonne Edward et Alphonse sur l'île de Yock, où ils ont appris une importante leçon de vie avant qu'elle ne les prenne comme apprentis, des années auparavant. Elle veut qu'ils aient le temps de réfléchir à leurs erreurs.

Tout est un, Un est tout

Le jeune garçon qui a suivi Edward et Alphonse sur l'île de Yock n'est pas seulement un alchimiste, il est aussi capable de transmuter son propre corps. Après avoir découvert les cicatrices sur le bras droit et la jambe gauche du garçon, Ed découvre qu'il s'agit d'un homoncule qui a pris ses membres lors de leur tentative ratée d'alchimie humaine.

L'enfant non contaminé

Yoki aperçoit Scar dans un groupe d'Ishbalans arrivant dans un camp de réfugiés. Il s'enfuit pour contacter l'armée, dans l'espoir d'être réintégré. Pendant ce temps, les militaires, croyant que le mystérieux garçon est un homoncule, le capturent et l'emprisonnent dans le quartier général sud. Une chimère appelée Bido découvre la même chose et Izumi prend d'assaut le quartier général sud pour le sauver, mais elle se retrouve bientôt dans un combat à cinq pour le garçon.

Assaut sur le quartier général sud

Au milieu de la confusion qui règne dans le quartier général du Sud, Envy, déguisé en Bradley, parvient à arracher l'homoncule à Izumi. Kimblee et Bido se sont battus dans le même but et le garçon s'est souvenu de tout son passé après avoir consommé de petits fragments de la pierre philosophale.

Péché

Edward et Alphonse combattent le nouvel homoncule connu sous le nom de Wrath, qui veut le reste du corps d'Edward pour se rendre humain. Izumi interrompt le combat en séparant les combattants par un gouffre profond. Après la fuite de Wrath, Izumi envoie Edward et Alphonse rencontrer son professeur d'alchimie, une vieille femme nommée Dante, afin d'apprendre une leçon importante sur le principe de l'échange équivalent. Chez Dante, ils découvrent que Lyra est devenue son apprentie, et le groupe de Greed vient combattre les Elrics.

Dante de la forêt profonde

Marta saute dans l'armure d'Alphonse et le ralentit juste assez pour que Loa maîtrise Al, et les kidnappeurs l'emmènent à leur quartier général pour un rendez-vous avec Greed. Tandis qu'Ed parcourt la ville à la recherche d'informations sur l'endroit où se trouve Al, Izumi va voir Dante. Au cours d'une conversation intense, Dante révèle que les ravisseurs ont laissé un emblème révélant le nom du pub où Al a été emmené. Dans la cachette, Greed révèle à Al qu'il souhaite savoir comment les âmes peuvent être liées à des objets inanimés, comme l'armure d'Al. Izumi fait irruption sur les lieux pour sauver Alphonse du puissant homonculus et de ses acolytes, et est ensuite rejointe par Edward. Ils ne parviennent cependant pas à le blesser, car il utilise son Bouclier Ultime lorsqu'il est attaqué. Avant que lui et Ed ne puissent vraiment se battre, les militaires font irruption dans le bâtiment pour en prendre le contrôle. Pendant la fuite, Greed découvre que Kimblee a trahi son équipe, mais il n'a pas le temps de s'occuper de lui, car les kidnappeurs doivent prendre Al et partir. Avant qu'Ed ne puisse se lancer à leur poursuite, il est coincé sous la menace d'une arme par les militaires, qui lui demandent de se retirer et de se présenter au lieutenant-colonel Archer.

Al, capturé

Archer fait arrêter Edward ainsi qu'Izumi et Sig Curtis. Archer rétablit Tucker en tant qu'alchimiste d'État sous son commandement et ordonne à ses hommes de ne pas faire de prisonniers pour traquer Greed et ses associés. Alors que Greed tente de s'échapper avec ses acolytes, Strongarm traverse le mur et se bat avec Law jusqu'à ce que ce dernier fasse s'effondrer le mur, permettant ainsi au groupe de s'échapper. Alors que Greed et ses acolytes se rétablissent dans une petite cabane, Lust et Gluttony apparaissent. Dolcetto et Law se sacrifient pour permettre à Greed, Al et Marta (qui est toujours dans l'armure d'Al) de s'échapper. Dans une forêt, Greed demande à Al de l'attendre jusqu'au lever du soleil et à Marta de le surveiller pendant qu'il va s'occuper de ses affaires. Marta se rend compte qu'il se dirige vers la maison de Dante et tente de le suivre, mais Al refuse de l'autoriser à le faire. Lorsque Greed arrive chez Dante, il est accueilli par Lyra, qui sait pourquoi il retourne chez Dante. Elle le guide jusqu'à un salon où il découvre le corps de Dante fendu en deux, apparemment par une épée, et un cercle d'alchimie complexe au plafond et au sol. Avant qu'il n'ait le temps de réagir, Lyra utilise l'alchimie pour éjecter de force les fragments de pierre philosophale que Greed a consommés au cours de sa vie. Elle sort, le laissant en proie à la douleur, tandis qu'Ed entre. Choqué par le cadavre de Dante, il accuse Greed d'être responsable de sa mort. Pendant qu'ils se battent, Ed découvre le secret de son bouclier humain par la logique, et utilise l'alchimie pour l'annuler. Il parvient à poignarder Greed en pleine poitrine, ce qui, étonnamment, fait s'effondrer Greed de douleur. Greed explique à Edward que le seul moyen de tuer un homoncule sans qu'il ne se régénère est de l'assassiner physiquement à proximité des restes humains avec lesquels il a été créé, et il révèle également qu'il a laissé Al partir. Greed transmet cette information à Ed dans l'espoir d'assurer la mort des autres homoncules, puis il meurt, à la grande surprise d'Ed qui n'a jamais tué auparavant. Au lever du soleil, Marta se lève et quitte Al, sachant que Greed ne reviendra pas. Les frères se retrouvent et, avec Winry, Izumi et Sig, enterrent Greed et Dante. Ils font leurs adieux à Izumi et Sig en leur disant qu'ils trouveront ensuite les Ishbalans.

Théorie de l'avarice

Lust, Envy et Gluttony sont dans un restaurant et discutent de la mort récente de Greed. Alors qu'ils partent, un accident de voiture à l'extérieur blesse un petit garçon. L'appel à l'aide de la mère fait apparaître un homme qui le guérit à l'aide d'un anneau semblable à celui que Cornello portait à Lior. Lust regarde l'homme soigner l'enfant, et lorsqu'il se tourne vers la foule en la voyant, elle reconnaît en lui Lujon, un homme de son passé. Ils se retrouvent au restaurant, où un flashback nous montre comment Lust et Gluttony observent les résultats d'un glissement de terrain et ses victimes. Pendant qu'ils regardent, une équipe de secours s'approche, contenant Lujon, et il sauve une fille de la pile. Pendant ce temps, les Elrics et Winry, qui se trouvent dans une charrette au sud du camp d'Ishbalan, doivent sauver une jeune fille d'une bande de voyous dans la forêt. Elle révèle qu'elle s'appelle Lydia et qu'elle est à la recherche d'un homme nommé Lujon, qui est censé trouver une deuxième pierre philosophale pour sauver les habitants de leur village du retour d'une épidémie. Alors que Lujon, Lust et Gluttony retournent ensemble à son village, Lujon révèle que le pouvoir de sa pierre philosophale a considérablement diminué. Le flashback se poursuit, révélant que les tentatives infructueuses de Lujon pour guérir le premier assaut de la peste ont poussé Lust à lui enseigner les arts raffinés de l'alchimie. Alors qu'ils étudient ensemble, Lujon tombe amoureux d'elle ; cependant, Lust ne reste avec lui que parce qu'il invoque dans son esprit de faibles souvenirs qu'elle ne peut pas identifier. Une fois qu'il a appris les secrets de la guérison de la maladie, il parvient à sauver sa fiancée Lydia de l'emprise de la mort. Le jour de leur mariage, Lujon l'abandonne devant l'autel pour Lust, qui lui ordonne en vain d'aller vers lui. Une fois qu'il est parti, elle rit avec Envy de la réussite de leur plan. Dans le présent, Lujon embrasse Lust dans le village avant de sauver son peuple, s'exclamant qu'il ne la laissera pas le quitter cette fois-ci. Avant qu'il ne puisse la laisser partir, Lust le poignarde. Les villageois périssent tous et, quelques minutes plus tard, les Elric et Winry arrivent pour assister à la tragédie. Lydia s'enfuit dans le brouillard avant qu'ils ne puissent l'arrêter, et on la retrouve morte à côté du cadavre de Lujon, qui a succombé à la maladie alors que Lust s'éloigne dans son carrosse.

Réunion des morts au combat

En route pour Ishbal, Edward et Alphonse tentent d'aider un groupe de réfugiés ishbalans expédiés plus au sud par l'armée, dans l'espoir d'obtenir plus d'informations sur la pierre philosophale et la guerre à Ishbal.

Le pécheur qui sommeille en nous

Dans cet intermède comique, le sous-lieutenant Jean Havoc a enquêté sur Mustang sur ordre des affaires internes, et il a fait appel à plusieurs camarades pour l'aider. Cependant, le vol par Mustang des petites amies potentielles de Havoc affecte négativement la productivité de ce dernier. Mustang ordonne donc à l'adjudant Vato Falman de trouver un rendez-vous à Havoc. Armstrong recommande sa sœur, qui rejette Havoc parce qu'elle s'attendait à quelqu'un de plus musclé. Dans l'autre partie de l'épisode, Mustang est contraint par ses subordonnés d'enquêter sur le mystère du treizième entrepôt "hanté" qui apparaît de nulle part.

L'alchimiste de la flamme, le lieutenant célibataire et le mystère de l'entrepôt 13

Après avoir détruit le tracteur que Winry leur avait volé, Edward et Alphonse sont arrivés à une ville après une longue marche. Ils se séparent après s'être disputés au sujet de ce qu'ils doivent faire. Alphonse tombe alors sur une vieille connaissance, Marta. Pendant ce temps, Winry rencontre Sheska au Central, et tous deux décident de lancer leur propre enquête sur le meurtre de Hughes. Ils découvrent ce que Hughes avait découvert sur Juliet Douglas, puis écoutent une conversation qu'elle a avec Envy.

Au fil de l'eau

Pendant le trajet en train vers une base militaire près de Lior, Mustang découvre avec consternation que Kimblee fait partie de la force et a été réintégré en tant qu'alchimiste d'état par Archer, qui a été promu colonel pour cette opération. Les Elrics et Marta arrivent à Ishbal, et sont surpris de constater qu'il ne reste que des ruines. Ils découvrent que les sous-lieutenants Breda et Havoc les espionnaient et sont amenés à Mustang, qui place les frères Elric sous sa surveillance. Au dîner, Mustang montre à Ed une vue aérienne de Lior, qui révèle que Scar, qui a traîné un rocher géant autour de la ville, creusant la terre, est en train de créer un cercle de transmutation géant du Grand Arcanum, ce qui contrarie Ed. Ed va alors voir le colonel Archer et lui demande de se rendre sous couverture à Lior pour enquêter sur la zone pour le compte de l'armée. Archer accepte à condition de laisser Al derrière lui pour qu'Ed n'ait pas la volonté de "déserter". Il part ensuite après avoir donné à Armstrong sa montre de poche en argent.

Le secret d'Ishbal

La cicatrice

Scar, s'exprimant au nom de Rosé, demande aux habitants de Lior d'attirer les militaires dans la ville, mais de ne pas les provoquer. Kimblee, avec un groupe de chimères, attaque les civils dans la ville, et Scar demande aux civils de quitter la ville, afin qu'il puisse créer la pierre philosophale lorsque l'armée arrivera. Ed envoie une lettre à Mustang pour lui expliquer ce qui se passe à Lior et lui conseiller d'empêcher l'armée d'entrer dans la ville. Mustang et son groupe apprennent ce qui s'est passé au laboratoire 5 de Central et comment la pierre philosophale est fabriquée. Mustang demande à Alphonse de se rendre à Lior et de retrouver son frère. Archer se prépare à attaquer la ville de Lior, mais Bradley lui ordonne d'attendre. Lorsque Lust demande à Pride pourquoi il a ordonné à Archer d'attendre, celui-ci répond qu'il agit selon les ordres de leur maître. En colère, Lust décide de se rendre seule à Lior pour aider Scar à créer la pierre philosophale. Ed et Rosé aident les civils à quitter la ville de Lior, et Wrath et Sloth affrontent Ed. La faiblesse de Wrath est révélée, et Wrath attaque alors Rosé, qui parvient à parler et à appeler Ed pour attirer son attention. Scar affronte Kimblee, et ils entament un combat alchimique, causant de nouvelles destructions dans la ville. Alphonse intervient en piégeant Kimblee, mais celui-ci s'échappe et utilise son alchimie pour commencer à transformer l'armure d'Alphonse en bombe.

Sainte Mère

L'armure d'Al se transforme lentement en un composé explosif suite à l'attaque de Kimblee. Ed ayant aidé les Liorites à s'échapper, Scar est le seul à pouvoir aider Al. Scar transforme alors Al en pierre philosophale. Voyant que Kimblee a été tué par Scar, Archer ordonne à l'armée militaire d'entrer dans Lior pour l'abattre. Après de multiples blessures par balles en protégeant Lust, Scar rend son dernier souffle et transmute la ville entière avec lui-même et les soldats à l'intérieur. En voyant la destruction, Ed se précipite à la recherche de Scar. Retrouvant son frère en vie, Ed comprend vite ce que Scar a fait. Lust apparaît alors, ordonnant aux frères de se mettre à courir, car ils seront bientôt recherchés.

Son nom est inconnu

Un parfait inconnu tente d'engager la conversation avec Winry à l'arrivée de Winry et Sheska à Resembool. Pinako le présente à Winry comme étant le père d'Edward et d'Alphonse, Hohenheim of Light. Pendant ce temps, les frères Elric fuient Lior pour Resembool, tandis que la brigade de Mustang, qui a reçu l'ordre de Bradley de capturer les garçons, est à leur poursuite. Une fois acculé, Mustang explique aux frères qu'il ne les poursuit pas en raison d'ordres militaires, mais parce qu'il leur en veut de ne pas avoir cherché sa protection.

Le chien errant

Rosé et Lyra descendent un escalier secret dans une vieille église. Plus tard, Hohenheim décide d'affronter le chef des homoncules. Ed et Al apprennent la mort de Hughes.

Hohenheim de la lumière

Alors que Hohenheim combat le chef des homoncules, qui se révèle être Dante, leur histoire commune est révélée.

Un cœur pourri

Transmutation humaine

Alors qu'Edward, Lust, Wrath et Sloth arrivent tous à l'usine où Alphonse s'est rendu pour rencontrer Tucker, un combat décisif s'engage, Edward et Alphonse devant enfin affronter leur création.

Sceller l'homoncule

Retranché à la frontière nord de Drachma, Armstrong déclare son intention et celle de Mustang de se rebeller contre le Führer. Pendant ce temps, alors que les Elric et Wrath voient Sloth s'évaporer, Envy entre, déguisé en Winry, et kidnappe Alphonse. Edward se lance à la poursuite d'Envy, mais il est arrêté par Wrath, qui commence à l'attaquer pour avoir tué Sloth. Izumi arrive, distrait Wrath qui s'enfuit dans les bois. Edward et Izumi partent affronter les autres homonculi. Les frères Tringham sont arrivés à Central avec un message important pour les frères Elric. Cependant, dans une librairie, Russell se fait à nouveau passer pour Edward afin de ne pas avoir à payer pour des livres. Malheureusement, Russell et Fletcher sont capturés, les militaires les prenant pour les vrais frères Elric. Le Führer les condamne à mort, mais ils sont sauvés par Brosh et Ross. Tous les quatre tombent sur Edward et Izumi, qui tentent de retrouver le Führer. Cependant, ils sont confrontés à Archer, qui s'est transformé en un être cyborg. Izumi reste pour affronter Archer et ordonne à tous les autres de partir. En essayant de trouver un autre moyen d'atteindre le Führer, Edward arrête une voiture et remarque Mustang et Hawkeye à l'intérieur, tous deux s'étant cachés dans Central pour pouvoir attaquer le Führer sans qu'il s'en aperçoive. Mustang fait monter Edward dans la voiture et pendant le trajet, le duo a enfin une chance de réparer leur amitié avant de partir chacun de leur côté.

Au revoir

Envy livre Alphonse au chef des homoncules dans la ville cachée sous Central. Edward découvre bientôt la ville grâce à une page du journal de Nash, ce qui conduit à une confrontation finale avec Dante. Edward apprend également que Dante projette de transférer son âme dans le corps de Rosé en utilisant la pierre philosophale d'Alphonse. Elle envoie alors Edward à travers la Porte de la Vérité et il se réveille pour se retrouver avec Hohenheim dans un Londres déchiré par la guerre.

L'autre côté de la porte

La mort

Alphonse se libère et tente une transmutation humaine en se sacrifiant, utilisant ce qui reste de la pierre philosophale en lui pour ressusciter son frère. Envy apparaît à la Porte de la Vérité, n'ayant pas réussi à arrêter Alphonse, et rencontre l'âme d'Edward. Apprenant que Hohenheim est toujours en vie de l'autre côté, Envy décide joyeusement de le tuer contre l'avis d'Edward, disparaissant au loin sous la forme d'un dragon vert et serpentin. Edward se réveille et constate que son corps est entièrement guéri et que son bras droit et sa jambe gauche sont désormais en chair et en os. Cependant, Alphonse a été enlevé par la Porte de la Vérité. Après avoir demandé à Rosé d'emmener avec elle un Wrath blessé et de fuir à Resembool, Edward tente une transmutation humaine, offrant sa propre vie, ce qui permet à Alphonse de retrouver son corps, bien que sa mémoire soit rappelée jusqu'au moment où les frères ont essayé de ressusciter leur mère. Pendant ce temps, Mustang réussit à tuer le Führer Bradley avec l'aide de son fils Selim, qui affaiblit involontairement son père adoptif en lui apportant les restes de l'humain dont le Führer était originellement issu. Le Führer réagit en étranglant son fils sous l'effet de la colère avant que Mustang ne prenne l'avantage. Alors qu'il prend le corps de Selim et quitte le manoir, Mustang est confronté à Archer, qui lui tire apparemment une balle dans l'œil gauche. Hawkeye arrive à temps pour sauver la vie de Mustang et tue Archer. Dante s'échappe dans un ascenseur pour retrouver le Führer et l'aider à se venger, mais elle est dévorée par Gluttony, qui ne l'a pas reconnue. Alphonse est de retour en Amestris, tandis qu'Edward a franchi la Porte de la Vérité et se trouve actuellement à Munich. Les deux frères décident de se retrouver un jour.

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