Bien qu'il ait grandi en tant qu'orphelin, Nio Chirinu trouve une place à part : il est serveur dans le restaurant de sa grand-mère adoptive. Mais cette paix ne dure pas longtemps : Nio et sa sœur Iroha sont utilisés comme appât pour arrêter des ravisseurs d'enfants par Toshizou Hijikata et Souji Okita, deux membres d'un groupe de rônins tristement célèbre appelé Miburo. Après l'épreuve, Toshizou propose à Nio de rejoindre les rangs de Miburo et de protéger les habitants de Kyoto. Frustré par sa propre faiblesse, Nio s'entraîne pour égaler les talents d'épéiste de ses nouveaux camarades. Malgré cela, il a du mal à se faire accepter par Tarou Tanaka et Hajime Saitou, les autres membres de Miburo de son âge. Déterminé à se lier d'amitié avec eux, Nio doit découvrir son propre sens de la justice et devenir assez fort pour vaincre tous ses ennemis.

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