En 2035, un incident connu sous le nom de "Burst" se produit dans un centre de recherche japonais, donnant naissance à la "Matière", qui s'étend rapidement, se consume et s'auto-reproduit. Se frayant un chemin à travers les vestiges des barrages et des installations militaires des gorges de Kurobe, la matière hostile est assiégée par des forces d'intervention qui tentent de l'empêcher d'atteindre l'océan et par des mercenaires qui cherchent à découvrir la vérité sur son existence. Aiko Tachibana vit sous surveillance médicale constante après avoir été sauvée de la Matière. Elle passe ses journées à attendre sa guérison en fabriquant des avions en papier. Bientôt, son quotidien à l'école est perturbé par l'arrivée de Yuuya Kanzaki, un élève transféré, qui lui fait remarquer un certain nombre d'incohérences concernant son corps. Pourquoi n'est-elle jamais blessée et pourquoi n'a-t-elle soudainement plus besoin de son fauteuil roulant ? Il prétend que son existence est plus importante que ce qu'on lui a laissé croire, et qu'elle seule détient la clé pour mettre fin au Burst. Alors que de nombreuses factions s'intéressent désormais à Aiko, Yuuya et elle doivent rassembler des alliés et s'embarquer pour un dangereux pèlerinage au cœur de la gorge infestée avant que le filet ne se referme autour d'eux. Pour échapper à la conspiration qui se trame contre eux, ils doivent affronter la Matière, un ennemi qui coule comme de l'eau.

Deux ans après la mystérieuse explosion qui a tué sa famille, Aiko a presque réappris à marcher. Mais l'arrivée d'un étudiant transféré bouleverse sa vie.

Contact

Kanzaki emmène Aiko à la ville, où l'ancien collègue de son père, Kurose, lui raconte l'incroyable : son cerveau a été transplanté dans un corps artificiel.

Cible

La CAAC retient Aiko et Yuuya, mais les Divers parviennent à les faire sortir. Bien que la Matière soit de nouveau active, le groupe prévoit de se rendre à Primary Point.

Décision

Le groupe franchit la Porte au moment où le gouvernement ordonne l'évacuation. Leur première cible est l'obturateur à guillotine du K1, mais la matière est active.

Rencontre

A l'intérieur de la zone, le groupe se repose et se réapprovisionne au camp. Nanbara se fait raccompagner par Kurose, mais elle et Isazu semblent avoir leurs propres projets.

Mémoire

La démonstration de Kaede retarde la progression du groupe vers le point K2, qu'ils doivent atteindre avant le lever du soleil pour entrer dans la zone trois. Isazu raconte à Kurose ce qu'il a fait.

L'éveil

Les forces spéciales de la CAAC interceptent le groupe pour tenter de récupérer Aiko. Kurose réalise que la fille d'Isazu, Yuzuha, est liée à la Matière.

Percée

Les Divers confrontent Aiko et Kanzaki, mais ils acceptent de poursuivre la mission. Isazu devient directeur du laboratoire et apprend l'existence de l'Unité 1.

Chemin

L'équipe atteint le centre de recherche biotechnologique de Primary Point, mais Isazu parvient à se connecter à un flux vidéo pour confronter Kanzaki à ses intentions.

La vérité

Aiko a la possibilité de parler à son autre moi à l'intérieur de la matière maligne. Pendant ce temps, la matière humaine engloutit Yura, révélant Yuzuha.

Volition

Isazu établit un lien avec la Matière pour pouvoir interroger Yura. La JSDF se prépare à incinérer toute la zone malgré les objections de Nanbara.

Dévotion

Sur le site de l'opération, Yura admet que ses intentions ont changé avec la décision d'Aiko. Kurose tente de couper le lien entre Yuzuha et ses doubles.

A.I.C.O. Incarnation