Academy City, au Japon, est à la pointe de la science. En plus d'avoir 30 ans d'avance sur le monde sur le plan technologique, plus des trois quarts de la population de cette ville particulière sont constitués d'étudiants qui développent leurs capacités psychiques en tant qu'espers dans diverses institutions. Parmi ces étudiants se trouve Touma Kamijou, un lycéen dont le rang psychique est le plus bas, zéro, mais qui possède un pouvoir mystérieux qu'aucun scientifique ne peut comprendre : "Imagine Breaker", qui lui permet d'annuler d'autres capacités surnaturelles. Cependant, cela n'affecte en rien la vie de Kamijou, qui joue son rôle d'adolescent ordinaire, jusqu'à ce qu'il rencontre l'étrange Index Librorum Prohibitorum, une jeune fille qui a mémorisé l'intégralité des grimoires interdits, et qu'une dangereuse organisation traque. Alors que plusieurs magiciens cherchent à s'en prendre à la jeune fille, Kamijou défendra à tout prix sa nouvelle compagne et découvrira un nouveau royaume étrange et surnaturel.

Kamijou rencontre Index, qui est en fuite pour échapper à une société magique qui veut récupérer la bibliothèque des connaissances interdites stockées dans sa mémoire. Plus tard, Kamijou est choqué de trouver Index chez lui, en sang et accompagné d'un homme étrange.

Ville de l'Académie

Kamijou est aux prises avec Stiyl, contrarié par le comportement brutal du magicien à l'égard d'Index. Lorsqu'une réflexion rapide permet à Kamijou et Index de s'échapper, ils se dirigent vers la seule personne qui pourrait les aider.

Innocentius (Le roi chasseur de sorcières)

Kamijou en apprend plus sur l'histoire d'Index avec Necessarius, l'Église du Mal nécessaire. Plus tard, après s'être disputé avec Index lors d'une visite aux bains publics, Kamijou se retrouve en compagnie d'un mystérieux étranger.

Necessarius (L'Église du mal nécessaire)

Kaori Kanzaki confronte Kamijou, exigeant qu'il lui remette Index. Kamijou est blessé dans la bagarre qui s'ensuit. Lorsqu'il se réveille quelques jours plus tard, Index lui propose de prendre des mesures drastiques pour le protéger.

Une mémoire parfaite

Lorsque Kamijou entre en action pour empêcher Kanzaki et Stiyl d'effacer la mémoire d'Index, il apprend qu'il y a une chance que l'Église ait menti sur la menace qui pèse sur la vie d'Index depuis le début !

Limite (12 heures)

Kamijou réussit à éliminer la menace magique qui pèse sur la vie d'Index. Malheureusement, sa mémoire est effacée au cours du processus ! Plus tard, le patron de Stiyl lui ordonne de travailler avec Kamijou. Leur mission : Trouver "Deep Blood".

Imagine Breaker

Stiyl raconte à Kamijou (qui n'a aucun souvenir du sorcier) son plan pour attaquer l'école préparatoire de Misawa afin de sauver une jeune fille qui possède un pouvoir d'invocation de vampire connu sous le nom de Sang profond.

Le culte de la science (Misawa Cram School)

Kamijou et Stiyl sont rapidement attaqués après avoir infiltré l'école préparatoire de Misawa ! Pendant le raid, Kamijou tombe sur la fille qu'ils espéraient sauver - mais il y a une chance qu'elle ne veuille pas quitter le campus !

Ars Magna (Transmutation d'or)

Aureolus voit son plan de transformer Index en vampire contrecarré et apprend que Kamijou a déjà sauvé la mémoire d'Index. Submergé par la colère et la jalousie, l'alchimiste attaque Kamijou dans un accès de rage meurtrière.

Sang profond (Tueur de vampires)

Kamijou perçoit quelque chose d'étrange dans la relation entre Mikoto et Misaka, qui semble être la jumelle de Mikoto. Plus tard, après une rencontre amicale avec Kamijou, Misaka a une rencontre beaucoup plus intense avec Accelerator.

Mikoto Misaka (Sissy)

Kamijou est surpris - et troublé - par l'arrivée soudaine d'un autre sosie de Misaka. Lorsque le nouveau sosie explique pourquoi il y a tant de Mikotos dans les environs, Kamijou décide de mener l'enquête.

Sœurs (Sœurs)

Kamijou apprend que des milliers de clones de Mikoto ont été créés pour une raison simple et violente. Maintenant que ses sosies sont en train de mourir, la vraie Mikoto jure de sauver le reste de ses sosies en faisant le sacrifice ultime.

Niveau 6 (Capacité absolue)

Lors d'une sortie aux bains, Komoe explique à Index et Himegami comment les pouvoirs des esper se sont éveillés. Plus tard, Mikoto est sceptique lorsque Kamijou se porte volontaire pour affronter Accelerator au combat.

Accélérateur (aller simple)

Kamijou combat Accelerator afin d'améliorer la vie de Mikoto et de ses clones. À la fin du combat, Misaka 10032 rend visite à Kamijou à l'hôpital pour discuter des mesures à prendre pour que les clones s'adaptent à la vie à Academy City.

Le plus faible contre le plus fort (Le plus fort contre le plus faible)

Après s'être rendu dans une station balnéaire pour y retrouver sa famille, Kamijou se retrouve aux prises avec un sorcier russe nommé Misha. Plus tard, Kanzaki et Tsuchimikado expliquent les ramifications d'un sort récemment lancé appelé Angel Fall.

Angel Fall (Angel Fall)

Après que Kamijou et Tsuchimikado se soient précipités pour confronter Misha à propos de son comportement suspect, ils réalisent que Touya pourrait avoir quelque chose à voir avec le sort Angel Fall. Kamijou pourra-t-il sauver son père de la colère du sorcier russe ?

Toya Kamijo (Père)

Après avoir découvert la véritable identité de Misha, Kanzaki envoie Kamijou et Touya détruire le lieu du rituel. Lorsque Tsuchimikado suggère que Touya doit mourir pour mettre fin au sort, une rencontre violente - et apparemment fatale - s'ensuit.

La puissance de Dieu (Archange)

Afin de se débarrasser de l'attention indésirable que lui porte Unabara, Misaka demande à Kamijou de se faire passer pour son petit ami. Les choses se compliquent lorsque le faux couple découvre qu'Unabara cache un secret magique.

Réplique (Imposteur)

Accelerator rencontre le dernier clone de Misaka, Last Order, qui lui explique le rôle particulier qu'elle a joué dans l'expérience Sister. Plus tard, Accelerator apprend les mesures qu'il devra prendre pour assurer la sécurité de Last Order.

Dernier ordre (La fin)

Après qu'Accelerator ait libéré Last Order du virus qui infectait son cerveau, il est attaqué par Amai qui brandit une arme. Alors que tout semble perdu pour Accelerator, Yoshikawa arrive pour l'aider, mais Amai ne se laisse pas faire sans combattre.

Virus Code (Final Signal)

La rentrée scolaire est synonyme de nouveaux élèves transférés, dont Index ! En classe, Komoe donne un aperçu des réalités de la vie d'un esper et une nouvelle présence magique puissante est détectée à Academy City.

Counter Stop (Identité inconnue)

La panique s'empare d'Academy City à l'arrivée de la sorcière Sherry Cromwell, qui ne cache pas son intention de détruire Kazakiri ! Kamijou intervient pour déjouer les plans de Sherry, mais la situation est plus complexe qu'il ne le pense.

Golem (figurine en pierre)

Kamijou chasse Sherry et découvre que le sorcier a des vues sur Index ! Pendant ce temps, Kazakiri, dont le secret a été révélé, profite de sa nouvelle situation pour combattre Ellis.

Amis (Hyoka Kazakiri)

Kamijou, Index et Kazakiri unissent leurs forces pour affronter Ellis. À la fin de la bataille, et avec le soutien d'Index, Kazakiri retourne à son lieu d'origine. Plus tard, Tsuchimikado réfléchit au rôle d'Aleister dans les événements récents.

District scolaire du numéro imaginaire - Agence des cinq éléments

Toaru Majutsu no Index

Alors que les tensions entre le monde de la magie et Academy City ne cessent de croître, Touma Kamijou et sa main de négation doivent affronter à la fois des esper et des magiciens afin de protéger la vie de ceux qui l'entourent. Bien sûr, il n'est pas seul dans son combat ; que ce soit à ses côtés ou hors de vue, des alliés et des ennemis, anciens et nouveaux, entreront dans la mêlée pour l'aider. Toaru Majutsu no Index II poursuit l'histoire de l'action et de la comédie, alors que l'ampleur de la bataille de Touma et de ses alliés ne cesse de croître. Un conflit se prépare lentement à l'horizon, et la magie et la science se croiseront une fois de plus dans la guerre à venir.

Touma Kamijou s'efforce de terminer ses devoirs d'été à la maison, mais Index n'est qu'une distraction pour lui. Alors que Touma emmène Index dans un restaurant pour changer d'endroit, c'est le pire jour de sa vie lorsqu'ils sont attaqués par un magicien nommé Ouma Yamisaka, qui kidnappe Index et s'enfuit. Alors que Touma tente de la retrouver, rencontrant au passage Mikoto Misaka, Ouma prépare une cérémonie qui lui permettra d'accéder aux grimoires contenus dans la tête d'Index afin de trouver un remède à la malédiction infligée à une femme dont il est tombé amoureux. Alors que la cérémonie commence, le corps et l'esprit d'Ouma sont soumis à d'atroces souffrances pour accéder aux grimoires. Grâce à Index qui utilise discrètement son nouveau téléphone portable, Touma parvient à la retrouver et à interrompre la cérémonie. Touma parvient à faire sortir Ouma de sa dépression et lui propose de guérir la malédiction de la femme à l'aide de son Imagine Breaker. Pendant ce temps, Motoharu Tsuchimikado voit Kaori Kanzaki combattre et vaincre les Chevaliers d'Angleterre au Japon avant de se séparer.

Le dernier jour (31 août)

L'archevêque Laura Stuart informe Stiyl Magnus que le Livre de la Loi a été volé et qu'une habile décodeuse nommée Orsola Aquinas a été enlevée par les catholiques d'Amakusa. Elle l'envoie au Japon avec un groupe de nonnes catholiques de combat, les Agnese Forces, à la recherche de ce grimoire et d'Orsola. Pour obtenir l'aide de Touma, Stiyl fait semblant de kidnapper Index. Alors que Touma tombe par hasard sur Orsola en allant sauver Index, les catholiques d'Amakusa apparaissent et l'enlèvent par un trou dans le sol. Après avoir déterminé que le but des catholiques d'Amakusa est d'utiliser une magie de téléportation spéciale pour s'échapper avec Orsola avant minuit, Touma, Index, Stiyl et les forces d'Agnese installent un camp à l'endroit requis, où Touma se retrouve dans de nombreuses situations embarrassantes avec le chef du groupe, Agnese Sanctis. Comme Kaori était autrefois une catholique d'Amakusa, Stiyl sait qu'il devra peut-être la combattre si nécessaire. Pendant ce temps, les catholiques d'Amakusa se préparent à agir.

Le livre de la loi

Les forces d'Agnese affrontent les catholiques d'Amakusa pour faire diversion pendant que Touma, Stiyl et Index se faufilent dans un parc d'attractions. En échappant à certains catholiques d'Amakusa, Touma parvient à trouver Orsola et lui donne un collier en forme de crucifix que Styil lui avait donné plus tôt. Ils retrouvent Stiyl et Index, qui affrontent le chef des catholiques d'Amakusa, Saiji Tatemiya. Travaillant ensemble, Touma et Stiyl battent Saiji et le reste des catholiques d'Amakusa est capturé par les forces agnostiques. Cependant, Saiji révèle à Touma et Index que les catholiques d'Amakusa n'ont jamais volé le Livre de la Loi, car la véritable raison pour laquelle l'Église catholique voulait Orsola était de la tuer afin d'empêcher que les secrets du grimoire ne soient utilisés à mauvais escient. Les catholiques d'Amakusa n'ont été impliqués que parce qu'Orsola leur a demandé protection, mais s'est enfuie car elle ne leur faisait pas confiance. Troublé par cette révélation, Touma demande à Lucia et Angelene, deux nonnes catholiques de combat, de revoir Orsola, mais il met accidentellement Lucia en colère, qui tente de le tuer, ainsi qu'Index et Saiji. Cependant, elle et Angelene sont forcées de battre en retraite lorsque Index utilise une interception de sort sur la magie d'Angelene et contrecarre l'attaque de Lucia.

L'église d'Amakusa

Stiyl explique que les catholiques d'Amakusa ne tueront pas Orsola tant qu'ils n'auront pas prouvé qu'elle est hérétique. Alors que Saiji part libérer ses camarades, Stiyl dit à Touma et Index de rentrer chez eux, puisqu'ils n'ont plus rien à voir avec cette affaire. Touma, lui, se rend seul à l'endroit où Orsola est détenue et torturée par Agnese, qui lui révèle que ses nonnes de combat ont trompé Necessarius pour les aider. Il est ensuite rejoint par Stiyl, qui révèle que le collier en forme de crucifix que Touma a donné à Orsola signifie qu'elle est sous la protection de l'Église d'Angleterre, suivie par Index et les catholiques d'Amakusa. Tandis que Touma est chargé de protéger Orsola, les autres combattent les nonnes de combat, Index utilisant Sheol Fear, le pouvoir d'assourdir et de paralyser certaines des nonnes de combat. Cependant, Lucia amène une autre force de nonnes de combat, qui se poignardent volontairement les oreilles pour se protéger de Sheol Fear.

Peur du Shéol (Voix du Magicbane)

Alors que Touma, Index, Stiyl, Saiji et Orsola se barricadent contre les nonnes de combat, Touma et Index ont l'idée qu'Orsola pourrait les aider à déchiffrer le Livre de la Loi dans la tête d'Index à leur avantage. Lorsqu'Orsola mentionne sa méthode de déchiffrage, Index révèle que ses traductions sont fausses et qu'Orsola n'a jamais été capable de décoder le grimoire. Pendant que les autres luttent contre les nonnes de combat, Touma affronte Agnese, qui l'attaque avec sa baguette de Lotus. Cependant, Touma parvient à apprendre les schémas d'attaque de la baguette et réussit à toucher Agnese. Alors qu'Agnese tente de bluffer en disant que Touma a sacrifié ses amis comme des leurres, ils arrivent avec Innocentius, que Stiyl a réussi à invoquer grâce aux catholiques d'Amakusa. Agnese est assommée par Touma, ce qui brise le moral des nonnes de combat, avant que Touma ne s'évanouisse. Se réveillant à l'hôpital d'Academy City, Touma est accueilli et soigné par Kaori, qui le remercie de son aide et lui apprend qu'Orsola et les Catholiques d'Amakusa sont désormais sous la protection de l'Église d'Angleterre. Pendant ce temps, à Londres, Laura révèle à Stiyl que la véritable raison pour laquelle elle s'est impliquée dans l'incident d'Orsola était de prendre le contrôle des catholiques d'Amakusa et de s'en servir comme levier pour s'assurer de la loyauté de Kaori envers Necessarius.

Baguette de Lotus

Kuroko Shirai sort faire des courses avec Mikoto, mais elle est interrompue par son partenaire, Kazari Uiharu, qui signale que des voleurs ont dérobé une valise de voyage pour l'aérospatiale. Kuroko maîtrise les voleurs mais est ensuite attaquée et blessée par leur chef, une autre téléporteuse nommée Awaki Musujime. Elle lui révèle que le Diagramme de l'arbre a été détruit et que diverses factions rassemblent ses restes, dont le contenu de la mallette. Kuroko parvient à s'échapper, mais s'inquiète de ce qu'Awaki lui a dit, en particulier du fait que Mikoto a essayé de les arrêter pour des raisons qu'elle lui avait cachées, à savoir que si le Tree Diagram était reconstruit, l'expérience du Level 6 Shift recommencerait. Alors que Mikoto sort ce soir-là pour affronter Awaki, Kuroko décide de la suivre et surprend leur conversation avant qu'Awaki ne s'échappe. Alors que Kuroko décide de prendre les choses en main, Misaka 10032 décide d'agir.

Restes (épaves)

Kuroko retrouve Awaki dans un immeuble voisin et utilise le traumatisme de l'autodétermination de cette dernière pour porter le premier coup, mais au cours de leur combat, les blessures de Kuroko l'empêchent de se concentrer sur la téléportation et elle se retrouve coincée sous une pile de meubles. Awaki explique à Kuroko qu'elle et son organisation, le Syndicat des Sciences, prévoient de construire un nouveau Diagramme de l'Arbre afin de créer d'autres espèces d'espers. Croyant que Kuroko veut trouver la réponse à l'acquisition de ses capacités d'esper, Awaki tente de persuader Kuroko de la rejoindre dans sa cause, mais Kuroko rejette son offre, agressant verbalement Awaki pour avoir trouvé des excuses à son propre comportement. Kuroko se libère et tente d'attaquer Awaki, avant d'être abattue par cette dernière. Après une brève perte de contrôle de ses pouvoirs, Awaki tente de tuer Kuroko en faisant tomber le bâtiment sur elle, mais elle est sauvée par Mikoto et Touma, qui est venu la secourir après avoir été alerté par Misaka 10032. Alors que les Anti-Skills arrêtent le Syndicat de la Science, Awaki tente de s'échapper mais est confrontée à Accelerator, qui utilise le Réseau Misaka pour utiliser ses pouvoirs afin de la vaincre et de détruire le reste du Diagramme de l'Arbre. Alors que tout le monde se remet, Mikoto remercie Kuroko.

Déplacer un point (déplacement de coordonnées)

Academy City accueille le festival Daihaisei, une compétition sportive entre les différentes écoles de la ville, au cours de laquelle les visiteurs extérieurs sont autorisés à entrer. Alors que les parents de Touma, Touya Kamijou et Shiina Kamijou, ainsi que Misuzu Misaka, supposée être la sœur aînée de Mikoto, apprennent à se connaître, Touma et Mikoto décident de faire un pari dans lequel le perdant fait tout ce que veut le gagnant. Pendant ce temps, Laura contacte Aleister Crowley pour l'informer que des magiciens ont infiltré Academy City afin d'effectuer une transaction avec une arme magique appelée Stab Sword, qui a le pouvoir de tuer un Saint. Pendant ce temps, Touma a plusieurs problèmes avec un Index affamé et des situations embarrassantes avec le délégué de classe, Seiri Fukiyose. Plus tard, Touma rencontre Stiyl et Tsuchimikado, qui lui parlent de l'intrusion des magiciens et lui demandent de ne pas impliquer Index. Alors qu'il se fait gronder par Seiri après un incident gênant avec Index et Komoe Tsukuyomi, Touma tombe sur une femme nommée Oriana Thomson. Lorsque son Imagine Breaker réagit à sa présence, il réalise qu'il s'agit d'une des magiciennes en question et commence à la suivre.

Le festival Daihasei

Touma, Stiyl et Tsuchimikado poursuivent Oriana dans une gare routière truffée de pièges, mais elle parvient à s'échapper et utilise une contre-magie appelée Shorthand pour éviter d'être tracée. Malgré les objections de Touma, Stiyl et Tsuchimikado subissent un sort douloureux afin de localiser Shorthand, qui se trouve en plein milieu d'une compétition de lancer de balles dans un collège. Alors que les concurrents risquent d'être blessés par le sort s'ils le touchent, Touma et Tsuchimikado s'infiltrent dans le match en tant que concurrents afin de le trouver, mais ils découvrent que l'équipe adverse est l'école de Mikoto. Touma tente de protéger Mikoto de l'un des poteaux de la corbeille qu'il croit être doté de la sténographie, mais Seiri finit par toucher le vrai poteau, est touchée par la magie et tombe inconsciente avant que Touma ne détruise le sortilège. Alors que Seiri est emmenée à l'hôpital, Touma jure de faire payer Oriana pour ce qu'elle a fait.

Route perturbée (poursuite inhibée)

Pendant que Heaven Canceller s'occupe de Seiri, Stiyl réussit à mener Touma et Tsuchimikado à l'endroit où se trouve Oriana. Oriana jette une malédiction sur Tsuchimikado et donne du fil à retordre à Touma avec ses divers sorts, mais la détermination de Touma lui permet de la frapper. Oriana s'échappe mais laisse derrière elle sa cargaison, qui se révélera plus tard être un leurre. Laura apprend rapidement que l'épée Stab est en fait la Croce di Pietro, un artefact qu'elle craint que l'Église catholique n'utilise pour placer Academy City sous son contrôle si l'échange a lieu. Après que Touma, Stiyl et Tsuchimikado en aient été informés, Touma déjeune avec Index, ses parents, Mikoto et Misuzu, et est surpris d'apprendre que Misuzu est en fait la mère de Mikoto.

Sténographie (Stenographic Sourcebook)

Après que Touma ait eu des problèmes avec Index, Mikoto et Kuroko après le déjeuner, Tsuchimikado parvient à trouver l'emplacement d'Oriana et lui demande, ainsi qu'à Stiyl, de s'y rendre. Cependant, alors que Tsuchikimado tente de retrouver Oriana, celle-ci se dirige directement vers lui et l'attaque. Elle bat Tsuchikimado et détruit son sort de recherche, mais il parvient à bluffer en disant qu'il a appelé des renforts pour la faire fuir avant qu'elle ne l'achève. Pendant ce temps, Aisa Himegami s'inquiète pour Touma et Komoe lui suggère de l'inviter à une parade nocturne à la fin du festival. Cependant, lorsqu'ils tombent sur Oriana en train de s'échapper, celle-ci voit la croix celtique magique d'Aisa et la prend pour une magicienne de Necessarius, l'attaquant avec un sort vicieux qui la laisse brutalement blessée. Alors que Touma se désespère en voyant son état, Komoe se souvient du sort de guérison qu'elle a lancé sur Index, et Stiyl reste pour l'aider à l'exécuter pendant que Touma poursuit Oriana.

Épée de poignard

Après avoir perdu la trace d'Oriana, Touma et Tsuchikimado se rendent compte qu'Oriana est en train de parcourir la ville pour trouver l'endroit idéal pour utiliser la Croce di Pietro. Grâce aux informations fournies par Orsola, ils apprennent que la Croce di Pietro ne peut être activée que dans un grand espace ouvert où l'on peut voir les constellations au coucher du soleil. Tsuchikimado comprend que l'aéroport d'Academy City, situé dans le district scolaire 23, est l'endroit idéal pour activer la croix, et lui, Touma et Stiyl s'y rendent rapidement alors que le coucher du soleil approche. Le temps qu'ils arrivent, Lidvia Lorenzetti, la nonne catholique avec laquelle Oriana travaille, a apporté la Croce di Pietro et commence à activer sa magie pendant qu'Oriana la défend contre le trio, battant à la fois Tsuchikimado et Stiyl, Touma étant le seul à rester debout.

Belvédère (L'Observatoire)

Alors qu'Oriana et Touma continuent de se battre, Stiyl se rétablit et invoque Innocentius pour l'aider. Refusant d'abandonner, Oriana utilise tous ses pouvoirs pour vaincre Stiyl et tous ses sorts sur Touma. Alors qu'il est sur le point de perdre conscience, Touma se souvient des promesses qu'il a faites à ses amis et se ressaisit pour vaincre Oriana. Cependant, Lidvia les contacte et leur révèle qu'elle et la Croce di Pietro sont à l'extérieur de la ville et qu'il n'y a rien qu'ils puissent faire pour l'empêcher d'activer le sort. Heureusement, la parade nocturne, qui est le feu d'artifice du festival, a commencé, ce qui bloque les étoiles et empêche la croix de s'activer. Alors que Touma est admis à l'hôpital, il reçoit la visite d'Index, de Kuroko et de Mikoto, qui l'informe qu'il a perdu leur pari. Pendant ce temps, Lidvia s'échappe en jet privé, mais Laura la retrouve grâce aux cartes runiques de Stiyl et la fait éjecter de l'avion. Bien que Laura lui propose de la sauver si elle se rend, Lidvia refuse et choisit de faire une chute mortelle tout en protégeant la Croce di Pietro. Au même moment, Aleister décide d'agir personnellement suite à ces récents événements. Le lendemain matin, Aisa reçoit la visite d'Index et plus tard, à sa grande joie, celle de Touma.

Croce di Pietro (Croix apostolique)

Malgré une série de malchances avec ses compagnes pendant le festival, Touma a de la chance le dernier jour lorsqu'il gagne à la loterie un voyage d'une semaine à Chioggia, en Italie. Une fois arrivé à Chioggia avec Index, Touma tente de retrouver Index qui s'est perdue, mais il est retrouvé par Orsola qui réussit à retrouver Index. Plus tard, Orsola leur explique qu'elle et les catholiques d'Amakusa sont venus l'aider à déménager et à emballer ses affaires pour Londres. Après les avoir aidés, Touma et Index sont sur le point de se rendre à leur hôtel lorsque deux assassins tentent de tuer Orsola, mais leurs tentatives sont déjouées par Touma et Index. L'un des assassins s'échappe en invoquant un voilier fait de glace dans le canal où Touma et Orsola montent accidentellement à bord. Alors qu'ils se cachent de leurs poursuivants à l'intérieur du bateau, tous deux réalisent que les assassins appartenaient à l'Église catholique et qu'une flotte de navires de glace se dirige vers la mer Adriatique. Lorsque quelqu'un tente d'entrer dans la pièce où ils se cachent, Touma se prépare et a la surprise de découvrir qu'il s'agit d'Agnese.

Ville de l'eau

Agnese explique qu'ils se trouvent sur une flotte de navires magiques appelée Flotte de la Reine, où elle et ses nonnes de combat sont punies. Elle accepte de laisser Touma et Orsola s'échapper en échange du sauvetage de Lucia et Angelene, dont le cerveau risque d'être restructuré pour les empêcher de jeter un sort qui leur permettrait de s'échapper. Alors qu'Agnese se rend au vaisseau amiral de la flotte pour affronter l'évêque Biagio Busoni, le commandant de la flotte, Touma et Orsola parviennent à retrouver et à sauver Lucia et Angelene, qui disent qu'Agnese risque d'être utilisée pour un sortilège qui détruirait son cerveau. À ce moment-là, les autres navires commencent à leur tirer dessus, les faisant tomber dans la mer, mais ils sont sauvés par Index et les catholiques d'Amakusa à l'aide d'un bateau magique submersible. Après avoir appris que le sort pour lequel Biagio veut utiliser Agnese a le pouvoir de détruire les villes et d'effacer leur culture, les catholiques d'Amakusa acceptent d'aider Touma à sauver Agnese. Ils lancent une attaque sur la flotte, où Touma et son groupe affrontent les nonnes de combat. Mais lorsque les autres navires tentent de couler celui où se trouvent le groupe de Touma et les nonnes de combat, Angelene est blessée en sauvant l'une des nonnes.

Flotte de la Reine

Lucia et les catholiques d'Amakusa retiennent les nonnes de combat tandis que Touma, Index et Orsola poursuivent leur route vers le vaisseau amiral. Alors que Touma distrait une armée de golems de glace, il rencontre bientôt Biagio, qui utilise ses croix magiques d'agrandissement et sa magie de gravité pour le vaincre. Pendant ce temps, Orsola parvient à retrouver Agnese, mais Biagio la retrouve bientôt et lui révèle qu'il a besoin d'Agnese afin d'utiliser les pouvoirs de la Queen Fleet pour détruire Academy City. Alors que Biagio les maîtrise, Touma arrive et l'assomme. Ses plans ayant été déjoués, Biagio active le sort d'autodestruction de la Queen Fleet qui provoquera une grande explosion. Touma ordonne à Orsola de s'enfuir avec Agnese et les autres pendant qu'il combat Biagio une dernière fois, pour finalement le vaincre et arrêter le sort malgré le naufrage du vaisseau amiral. Alors que Touma se réveille à l'hôpital, il reçoit un appel de Heaven Canceller qui l'informe qu'il est ramené à Academy City et lui rappelle le pari que Mikoto a fait pour lui. À Londres, après avoir été informée des récents événements par Tsuchimikado, Kaori salue Orsola, qui est revenue avec Agnese. Pendant ce temps, au Vatican, une nonne au visage percé du Siège droit de Dieu oblige le Pape à signer un ordre pour enquêter sur Touma et l'éliminer s'il est considéré comme un ennemi.

Rosaire de l'heure convenue

L'automne arrive à Academy City et les élèves enfilent leurs uniformes d'hiver. Accelerator, Last Order et Kikyou Yoshikawa quittent l'hôpital pour s'installer dans l'appartement d'Aiho Yomikawa, tandis que Misaka 10032 et trois autres sœurs commencent leur rééducation en ville. Pendant ce temps, comme promis dans leur pari, Mikoto fait faire à Touma tout ce qu'elle veut, l'entraînant dans un magasin de téléphonie mobile qui offre un bracelet de téléphone Gekota à ceux qui souscrivent un contrat de couple. Cependant, pour bénéficier de l'offre, ils doivent prendre une photo d'eux comme un couple amoureux, ce qui est gâché par l'intervention d'une Kuroko jalouse. Ailleurs, Last Order se fait enfermer à l'extérieur de l'appartement, ce qui amène Misaka 10032 à se moquer de sa situation. Last Order est jalouse d'être le seul clone de Misaka à ne pas avoir de lunettes, alors Last Order vole et s'enfuit avec les lunettes de Misaka 10032, ce que cette dernière ne voit pas d'un très bon œil.

Jeu de pénalité

À Londres, les femmes de Necessarius ont du mal à apprendre à se servir d'une nouvelle machine à laver. De retour à Academy City, Mikoto récupère enfin ses bracelets de téléphone, tandis que Touma rencontre Misaka 10032, qui recherche Last Order, et lui achète un collier pour pouvoir la distinguer de Mikoto. Alors que Mikoto les rejoint, Misaka 10032 commence à la taquiner et à s'accrocher à Touma, attirant l'attention de Last Order avant que Misaka 10032 ne la poursuive à nouveau. Ailleurs, Hyouka Kazakiri apparaît dans l'Imaginary Number School District et est appréhendée par les Anti-Skills. Accelerator se rend au centre commercial souterrain à la recherche de Last Order et finit par rencontrer Index, qui décide de l'aider à rechercher Last Order après lui avoir offert un repas. Pendant ce temps, Last Order approche Touma pour le remercier d'avoir arrêté l'expérience Shift de niveau 6, mentionnant qu'elle espère protéger Accelerator. Touma et Last Order se séparent rapidement et rejoignent respectivement Index et Accelerator, bien que Touma et Accelerator ne se voient pas vraiment, et commencent à rentrer chez eux.

Numéro de série (numéro du spécimen)

En Russie, Sasha Kruezhev, qui tente d'apprendre les effets secondaires de son corps après que l'archange Gabriel l'a possédée, est harcelée par son supérieur, Vasilisa. Last Order glisse sur un sol mouillé et s'écorche les genoux en rentrant chez elle avec Accelerator, qui va lui acheter des pansements. Cependant, il est rapidement attaqué par un groupe de soldats armés, les Hound Dogs, menés par son ancien mentor, Amata Kihara. Accelerator s'occupe facilement des hommes, mais Amata connaît toutes les astuces pour annuler ses capacités et le bat brutalement. Lorsque les chiens de chasse tentent de kidnapper Last Order, Accelerator parvient à rassembler assez de force pour la mettre en sécurité, avant qu'Index, qui voulait lui renvoyer un paquet de mouchoirs, n'apparaisse sur les lieux. Pendant ce temps, Touma part à la recherche d'Index après son départ, mais voit un groupe d'agents Anti-Skill tomber mystérieusement inconscients avant de tomber sur Last Order, qui lui demande de l'aide. Au même moment, un magicien du siège droit de Dieu nommé Vento of the Front est entré dans Academy City et contacte Aleister pour lui dire qu'elle a neutralisé les forces d'Anti-Skill et de Judgment, tué trois membres de son conseil d'administration et qu'elle a l'intention de le tuer, lui et tous les autres habitants d'Academy City. Sans se laisser impressionner par ses menaces, Aleister ordonne à Amata de déployer le "Fuse Kazakiri" et de s'emparer du Last Order pour éliminer Vento.

Le chercheur (Amata Kihara)

Accelerator utilise la présence d'Index comme distraction pour forcer le conducteur des chiens de chasse à les éloigner, Index et lui, des chiens de chasse. Avant qu'Amata ne puisse les poursuivre, Vento apparaît et s'occupe de ses hommes pendant qu'il poursuit Accelerator. Pendant ce temps, Touma et Last Order recherchent Accelerator et échappent aux chiens de chasse qui les poursuivent en se cachant dans un restaurant où tout le monde est inconscient. Accelerator confie Index à Heaven Canceller, qui l'informe de la situation de Last Order. Pour tenter d'éliminer les chiens de chasse qui le poursuivent, il les attire dans une usine de chemin de fer et les tue un par un. Alors que Touma et Last Order continuent de se cacher, ils sont confrontés à Vento, dont l'image a fait perdre connaissance à plusieurs personnes, dont Yomikawa et Kazari. Touma défend les clients inconscients du restaurant contre les attaques de Vento, disant à Last Order de s'enfuir, mais Vento se met bientôt à cracher du sang et est obligée de s'enfuir. Accelerator tue finalement le dernier soldat Hound Dog qui le poursuivait, mais ses actions ont été constatées par une unité de patrouille Anti-Skill, ce qui fait de lui un suspect de meurtre recherché. Pendant ce temps, Tsuchimikado enquête sur les actions de Vento et tombe sur un être spectral blanc.

Chien de chasse (Hound Squad)

Alors que Tsuchimikado se bat contre l'être spectral qui travaille avec Vento pour tuer les résidents inconscients d'Academy City, Touma appelle Accelerator depuis le téléphone portable de Last Order pour l'informer de son statut. Accelerator apprend bientôt qu'Amata a réussi à capturer Last Order, mais qu'il la garde en vie pour une raison quelconque. Aleister utilise alors Testament, avec l'autorisation de Last Order, pour invoquer un ange qui apparaîtra dans la ville pour s'en prendre à ceux qui utilisent la magie. Alors que Touma, Index et Mikoto se dirigent vers l'endroit où se trouve l'ange, Index se rend compte qu'il s'agit en fait de Hyouka. Tandis que Mikoto repousse les chiens de chasse, Index explique la nature du châtiment divin de Vento, qui vise tous ceux qui éprouvent une certaine émotion à son égard, et explique que Hyouka n'est pas un ange ordinaire. Touma lui demande de travailler avec Mikoto pour combiner leurs connaissances en magie et en science afin de trouver un moyen de l'aider. Pendant ce temps, Accelerator s'introduit dans le quartier général des Hound Dogs et confronte Amata. Alors que Touma est témoin de l'état de contrôle de Hyouka et se sent impuissant, car utiliser sa main droite la tuerait, Vento apparaît à nouveau devant lui, menaçant de les tuer tous les deux, alors Touma se lève pour défendre Hyouka.

Testament (Dispositif d'apprentissage)

Accelerator commence à combattre Amata, mais la batterie de son lien avec le réseau Misaka s'épuise, le laissant paralysé et sans défense. Cependant, il recommence à bouger par la force de sa volonté et se lance à la poursuite d'Amata. Pendant ce temps, Touma se bat contre Vento, qui continue d'être affaibli par le Testament, tandis que Hyouka fait apparaître de la neige sur la ville, protégeant les civils inconscients. Vento révèle sa haine envers la science parce qu'elle et son petit frère ont eu un accident dans un parc d'attractions qui était censé être le plus sûr, mais l'hôpital n'avait assez de sang que pour la sauver. Touma s'oppose à son raisonnement et parvient à l'assommer. Index apparaît dans le quartier général des Hound Dogs et, grâce aux connaissances scientifiques de Mikoto, apprend que le Last Order est utilisé comme conteneur pour créer l'ange. Elle chante une chanson afin de briser les chaînes qui contrôlent Last Order, qui à son tour résonne avec Accelerator qui se réveille en conséquence et fait exploser Amata dans le ciel. À la fin, Acqua du Back from God's Right Seat apparaît et donne la croix de Vento à Touma, car son Divine Retribution a été dissipée, puis avertit Touma de ne pas le combattre car c'est un Saint avant de partir avec Vento.

Le sort du châtiment divin

Grâce à Index, Hyouka revient à la normale et, bien qu'elle se reproche le chaos qu'elle a causé, Touma lui assure qu'elle a aussi protégé la population de la ville. Alors qu'Acqua se retire d'Academy City avec Vento et le reste de ses hommes, Accelerator est capturé par les forces de sécurité de la ville. Alors que la ville se remet de l'attaque de Vento, Touma et la classe de Tsuchimikado dînent dans un restaurant sukiyaki où ils parlent plus tard de l'arrivée d'une guerre à Academy City. Pendant ce temps, le conseil d'administration de la ville punit Accelerator pour ses actions en le faisant rejoindre une équipe spéciale appelée GROUP qui se compose de Tsuchimikado, Awaki et Etzali, le mage qui s'est déguisé en Mitsuki Unabara. Après avoir augmenté la limite de temps des pouvoirs d'Accelerator, la première mission du GROUP est de neutraliser la menace posée par les Skill-Outs, un gang d'espers de niveau 0 dirigé par Ritoku Komaba, qui profitent du manque de sécurité dans la ville après que les Anti-Skills aient été forcés de défendre la périphérie de la ville pour se préparer à d'autres attaques de l'Église Catholique. Alors qu'Accelerator et Awaki commencent leur attaque sur le terrain des Skill-Outs, Awaki tombe sur Ritoku.

Avant-guerre

Gang armé (Skill-Out)

Toaru Majutsu no Index II

Touma Kamijou n'arrive pas à s'en sortir. Après l'invasion d'Academy City, les tensions politiques ne cessent de croître alors que les factions scientifiques et magiques se heurtent de plein fouet. Il semble que Academy City ait l'intention de déclarer la guerre à l'Église catholique romaine, plongeant ainsi le monde entier dans une guerre globale. Touma se retrouve une fois de plus en première ligne pour protéger ses amis et ses alliés. Toaru Majutsu no Index III est le dernier épisode de la franchise originale. Touma, Accelerator et le véritable Shiage Hamazura de niveau 0 poursuivent leurs périples respectifs, jusqu'à l'acte final de la série originale de romans légers.

A Certain Magical Index